慶余年的秘密是關(guān)于神廟的。神廟是一個(gè)史前人類(lèi)文明的軍事博物館,收藏了幾乎所有的史前人類(lèi)武器。肖恩知道神廟的位置,并且見(jiàn)過(guò)葉輕眉從神廟里出來(lái)。他將這個(gè)秘密告訴了范閑,但受到葉輕眉的要求,他不能將這個(gè)秘密透露出去。此外,太平別院湖底也隱藏著禁忌之門(mén)的秘密,是葉輕眉一直居住的地方,也是慶帝、陳萍萍、范建等人年輕時(shí)逍遙的地方。禁忌之門(mén)是神廟的入口,神廟是一個(gè)非常高級(jí)的文明,葉輕眉從神廟帶出了智能機(jī)器人五竹。至于神廟具體藏著什么秘密,目前的信息中并沒(méi)有明確說(shuō)明。