百濟(jì)王子扶余忠勝、扶余忠志率領(lǐng)自己的兵眾及倭軍、耽羅國使投降，只有主帥遲受信占據(jù)的任存城還未被攻克。
當(dāng)初，蘇定方滅亡百濟(jì)，主將沙吒相如、黑齒常之糾集潰卒，憑借險要地勢接應(yīng)鬼室福信。白江口之戰(zhàn)后，二人投降唐軍。
劉仁軌展示誠意，讓他們攻取任存城來證明自己的真誠，又為其補(bǔ)充軍械、糧草。孫仁師認(rèn)為此舉可能會招致他們反叛。
劉仁軌說：“我觀察沙吒相如、黑齒常之真誠并有謀略，乘機(jī)立功，還懷疑什么？”
沙吒相如等最終攻克了任存城，遲受信獨(dú)自逃往高句麗，百濟(jì)的殘余勢力被全部消滅。孫仁師等人班師回朝，朝廷令劉仁軌率軍留鎮(zhèn)百濟(jì)。
百濟(jì)兩次遭受戰(zhàn)亂，境內(nèi)受到嚴(yán)重的破壞，劉仁軌命令對死者進(jìn)行掩埋祭奠。
他重新登記戶籍，設(shè)置官署屬吏，開辟道路，建設(shè)村莊，修復(fù)堤壩塘堰，救濟(jì)貧困人家，鼓勵農(nóng)業(yè)生產(chǎn)，替他們建立土地神廟，百濟(jì)的民眾都安居下來。
守軍于是墾種土地，籌劃平定高句麗。
劉仁愿回到京城，高宗慰問他說。
“你本是武將，但這次寫來的奏表文書，都合乎禮儀，這是怎么做到的？”
劉仁愿回答說：“都是劉仁軌的手筆，不是我能寫出來的?！?p> 高宗贊賞劉仁軌，破格提拔他六級官階，正式任命他為帶方州刺史，并在長安獎賞一處住宅，加賜其家屬。高宗特派使者送去蓋有御印的文書，對劉仁軌進(jìn)行表彰。
在太宗貞觀、高宗永徽年間，朝廷都特派使者慰問祭奠陣亡的將士，有的還把贈授的官職爵位轉(zhuǎn)授給他的后輩擔(dān)任。
顯慶以后，獎賞出征將士的事幾乎不復(fù)存在。到平百濟(jì)、圍平壤時，有功的人完全沒有甄別任用。州縣征募兵役，人們不愿當(dāng)兵出征，身體健壯、家境富裕的人，用財物到官府打通關(guān)節(jié)，都可以逃避征調(diào)。
招募到的人都愚弱貧困，缺乏斗志。劉仁軌全面論述了不計功行賞的弊病，要求朝廷對出征將士給予慰勞獎賞，以便鼓舞士氣。
劉仁軌還呈遞奏表，建議任用扶余隆，令其安撫百濟(jì)民眾。高宗對他的建議表示同意，并授扶余隆為熊津都督。
當(dāng)時，劉仁愿任卑列道總管，高宗令他接替劉仁軌駐守百濟(jì)，然后二人再一起回國。
劉仁軌說：“皇上巡視各地，還要籌劃平定高麗。眼下正值農(nóng)忙季節(jié)，如果官兵全被接替，新來的人不熟悉情況，萬一這里發(fā)生變故，誰能保衛(wèi)？不如留下原來的部隊收割完畢之后，分批派他們回國。我應(yīng)當(dāng)留下，還不能離開?！?p> 劉仁愿不同意，說：“我只知道執(zhí)行詔令?！?p> 劉仁軌說：“不對。如果對國家有利，知道該做就沒有不做的，這是臣下應(yīng)守的節(jié)操。”
于是向朝廷陳述利害關(guān)系，請求留守百濟(jì)。高宗同意，并因此認(rèn)為劉仁愿不忠。
麟德二年，高宗到泰山封禪時，劉仁軌帶領(lǐng)新羅、百濟(jì)、儋羅、倭國這四個屬國的酋長奔赴泰山參加祭典集會。高宗非常高興，擢升劉仁軌為大司憲兼知政事。
乾封元年六月，劉仁軌遷右相，兼檢校太子左中護(hù)。根據(jù)前后戰(zhàn)功，高宗封劉仁軌為樂城縣男。
總章元年，劉仁軌出任熊津道安撫大使兼浿江道總管，作為司空李勣的副手，協(xié)助其攻滅高句麗。
次年，唐軍回師，劉仁軌乞老歸養(yǎng)，高宗加授其為金紫光祿大夫，允其致仕。
咸亨元年，劉仁軌復(fù)出，被任命為隴州刺史。
咸亨三年，劉仁軌入朝為太子左庶子。十二月，升任同中書門下三品，并監(jiān)修國史。
咸亨四年三月，因“許敬宗等所記多不實(shí)”，高宗令劉仁軌等改修國史。
咸亨五年，任雞林道大總管，東征新羅。劉仁軌率唐軍橫渡瓠蘆河，攻克新羅重鎮(zhèn)七重城。以功進(jìn)封為樂城縣公，他的兒子以及侄子中有三個人被授予上柱國頭銜，鄉(xiāng)里為此感到光榮，把他的故居稱為“樂城鄉(xiāng)三柱里”。
次年，劉仁軌入朝為尚書左仆射、同中書門下三品兼太子賓客、監(jiān)修國史，仍舊主持政務(wù)。
儀鳳二年五月，吐蕃進(jìn)犯扶州臨河鎮(zhèn)，唐軍兵敗，朝廷任命劉仁軌為洮河道行軍鎮(zhèn)守大使，以圖取吐蕃，“於是始有久戍之役”。
劉仁軌的建議屢遭中書令李敬玄反對，他因此懷恨在心。劉仁軌明知李敬玄不是將才，但是因?yàn)橐恍南雸髲?fù)李敬玄，所以上奏道：“西邊鎮(zhèn)守的重任，非李敬玄不可?！?p> 李敬玄推辭不掉。次年九月，李敬玄在青海之戰(zhàn)中兵敗，被貶為衡州刺史。
永隆二年，劉仁軌兼任太子太傅。
不久后，他上疏請求致仕。高宗同意他辭去尚書左仆射之職，仍以太子太傅之銜知政事。
永淳元年，高宗游幸東都洛陽，留皇太子李顯在長安處理軍政事務(wù)，令劉仁軌與裴炎、薛元超輔佐太子。
次年八月，李顯奉詔趕赴洛陽，由唐昌郡王李重福繼任留守，劉仁軌任副留守。
弘道元年十二月，高宗駕崩，皇太后武則天執(zhí)政，加授劉仁軌為特進(jìn)。
光宅元年二月，李重照被廢，劉仁軌又被任命為尚書左仆射、同中書門下三品，專任西京留守，獨(dú)自主持長安的留守事務(wù)。
武則天特意寫信給劉仁軌，將其與留守關(guān)中的西漢名臣蕭何并稱。劉仁軌卻以年老體弱為由而上疏推辭，請求免除自己的留守之任。他還乘機(jī)陳述西漢呂后亂政敗亡之事，以申明對武則天的諷諫之意。
武則天得詔后，派侄子武承嗣專程前往長安慰問劉仁軌，向其解釋道.
“今日因皇帝正在守喪不能開口發(fā)布政令，眇身我（武則天）暫時代替他處置政事。勞您從遠(yuǎn)處勸誡，又上表聲稱年老多病要辭職，內(nèi)多責(zé)備抱怨，使我憂慮不安進(jìn)退無據(jù)。你又說‘呂后被后代恥笑，呂祿、呂產(chǎn)給漢朝帶來災(zāi)難’，比喻實(shí)在深刻，使我欣慰和慚愧交集。您忠貞的操守，終始不變；勁直的氣節(jié)，古今罕比。開始時聽到這種話，怎能不感到迷惘；靜而深思，足為借鑒。而且宰相之位，是百官的楷模，何況您是先朝舊臣，為遠(yuǎn)近所注目。希望您以匡正補(bǔ)救國事為懷，不要以年邁為由請求退休?！?p> 不久，朝廷進(jìn)封劉仁軌為樂城郡公。
垂拱元年（685年），劉仁軌遵從新令，改任文昌左相、同鳳閣鸞臺三品。
歷史上，在公元685年，正月二十二日（3月2日），劉仁軌逝世，享年八十四歲。武則天為其輟朝三日，命在京官員依次到他家中吊祭，追贈開府儀同三司、并州大都督，陪葬乾陵，賜其家實(shí)封三百戶。
唐中宗李顯重新即位后，因?yàn)閯⑷受壥恰按簩m舊僚”，追贈他為太尉。唐玄宗開元（713年—741年）年間，經(jīng)劉仁軌之孫、秘書少監(jiān)劉冕申請，玄宗下詔為劉仁軌立碑，并賜謚“文獻(xiàn)”。
天寶六載（747年）正月十二日，劉仁軌與尚書右仆射褚遂良、司徒高季輔一同配享唐高宗廟廷。
而此時的劉仁軌還并沒有去世。
李行周陪同劉仁軌一起閱兵，只看見兵甲林立，戰(zhàn)陣如山，好久沒有體驗(yàn)過這種生活了。
劉仁軌長長的呼出了一口氣，他已經(jīng)垂垂老矣，能再次進(jìn)入兵營，自然是感慨萬分。
劉仁軌雖然是文人出身，但是他一生都沒有離開軍隊。
龍朔元年（661年），劉仁軌為檢校帶方州刺史，會合新羅兵，大破百濟(jì)軍于熊津江口，解百濟(jì)府城鎮(zhèn)將劉仁愿之圍。
次年，與劉仁愿共敗百濟(jì)于熊津東。在孤軍無援之際，說服部眾，堅守觀變，伺機(jī)拔數(shù)柵，并攻取要塞真峴城。
龍朔三年，率水軍于白江口擊敗援救百濟(jì)的倭軍，焚其舟400艘。百濟(jì)平后，劉仁軌奉命留鎮(zhèn)百濟(jì)。他修屯田，訓(xùn)士卒，以圖攻取高句麗。
乾封三年，輔佐司空李勣滅亡高句麗。咸亨五年，率軍攻新羅。次年，破其要鎮(zhèn)七重城；又遣靺鞨軍渡海，攻新羅南境，殺獲甚眾。
儀鳳二年，又任洮河道行軍鎮(zhèn)守大使，以防御吐蕃。
英雄當(dāng)持三尺青鋒，死當(dāng)馬革裹尸還。
劉仁軌看到臺下的士兵們，精神瞬間恢復(fù)過來了。
“將士們，左武衛(wèi)威武！”
顯慶五年。左武衛(wèi)大將軍蘇定方平定百濟(jì)。戰(zhàn)后，劉仁愿被任為都護(hù)，并率領(lǐng)左武衛(wèi)駐扎在新羅。
此后十余年間，左武衛(wèi)一直都是在劉仁軌的統(tǒng)帥下。
劉仁軌走上演武臺，拔出自己的長劍，振臂高呼。
他的話并不多，但是卻是那么的震撼人心。
“大將軍，威武！”
“大將軍，威武！”
.......
臺下的士兵附和著，他們舉著長槍聲嘶力竭的吶喊著，整個左武衛(wèi)都被這股聲浪吞沒了。
李行周這次是真的服了，劉仁軌果然是個天生的軍人，只一個簡單的動作，便引起如此效應(yīng)。
李行周很清楚，有了劉仁軌，左武衛(wèi)真的會成為復(fù)興李氏的中堅力量。
劉仁軌將劍放回劍鞘，雙手平舉，等士兵們安靜下來后，大聲笑道。
“今天劉某很高興，沒想到離開左武衛(wèi)這么多年，大家居然還如此擁戴我，劉某再此感謝各位兄弟厚愛了。另外，今天給大家介紹一個人！”
此時的劉仁軌已經(jīng)八十余歲了，而且已經(jīng)是大唐一等一的權(quán)臣、重臣。
但是說起話來，依舊帶著點(diǎn)行伍之氣。
僅僅兩三句話的功夫，就讓自己與左武衛(wèi)之間的隔閡全沒了。
“李學(xué)士，上臺來！”