前傳：大蛇丸！
原火之國木葉隱村的“三忍”之一，與自來也、綱手同為第三代火影猿飛日斬的弟子。具有極其強大的實力和不死身。
擅長研究忍術(shù)并渴望得到寫輪眼。本身野心極大，由于目睹了太多人的死亡、知道生命是脆弱的而誤入歧途，他認為人體中蘊含著一生都無法使用的力量，因此他想獲得長生不老從而學(xué)習(xí)所有忍術(shù)，掌握世間的真理。
其野心被多次粉碎，在佐助與鼬一戰(zhàn)中被鼬的十拳劍封印。后在第四次忍界大戰(zhàn)中，從御手洗紅豆和藥師兜的身上看見了藥師兜的失敗，徹底醒悟。之后被佐助復(fù)活，與四位火影和鷹小隊前往戰(zhàn)場支援忍者聯(lián)軍。
忍界大戰(zhàn)結(jié)束后，被允許在不傷害他人性命的前提下繼續(xù)實驗，如今制造了人造人巳杯、巳月，并留在音忍村中生活。
大蛇，顧名思義就是巨大的蛇，所以對大蛇丸來說，能召喚萬蛇是順理成章的。
須佐之男因品行敗壞，在高天原做盡錯事，遭天神們逐出。在出云國遇到了一對老夫婦足名椎命與手名椎命，以及他們的女兒奇稻田姬，這一家正在傷心的哭訴。足名椎命與手名椎命是大山津見神的后代，他們的8個女兒有7個被一條恐怖的巨蛇吃掉，那就是八岐大蛇，如今他們僅剩這么一個女兒。
須佐之男發(fā)誓一定要退治此蛇，作為回報，要他們把女兒嫁給他。他讓老夫婦備酒，然后在地上造洞，把酒分別放置于8個洞里，躲起來等八岐大蛇出現(xiàn)。八岐大蛇來到后聞到酒香便開始喝酒，當大蛇喝醉了之后，須佐之男趁機殺死了大蛇。當他斬斷蛇尾的時候發(fā)現(xiàn)了一把劍，這就是后來的草薙劍，是傳說中的三神器之一。后來因為倭建命使用才使草薙劍名揚天下。
大蛇丸的忍術(shù)之一『八岐之術(shù)』也是參考了八岐大蛇的典故。
黑色長發(fā)，金色的縱長瞳孔，紫色延長到鼻翼的眼影，蒼白的皮膚，帶著青藍色的勾玉狀耳環(huán)。給人感覺陰險，即使進行了靈魂轉(zhuǎn)生，他還是會偽裝成原本的面貌。不過大蛇丸小時候并不是這樣，只因為他本人思想傾向負面、自我中心，因為害怕同伴受到傷害，而不相信同伴的力量（與鳴人的人生觀和價值觀完全相反），同時由于從小父母雙亡，再加上目睹了摯友、徒弟的死亡（綱手的戀人加藤斷和弟弟繩樹），以及戰(zhàn)爭時期人們不尊重生命的人生經(jīng)驗，更令其人格進一步走向黑暗，導(dǎo)致行事風(fēng)格越來越可怕。
盲目相信忍術(shù)和力量，甚至無視生命原有的本質(zhì)，一直妄想研發(fā)永生之術(shù)來改變世界，但為達到個人目標的同時卻又拋棄和犧牲其他人的性命（包括自己的部下）做實驗體，導(dǎo)致主角等人、木葉村的同伴，甚至連后來加入的組織“曉”的成員視他為敵人，故成為該動漫作品前期中的反派人物。因為幼年時期的自我想法，成為他日后行事作風(fēng)的源頭。
咒印術(shù)
大蛇丸通過對重吾身體的研究所得，得到咒印的人可以得到更強大的力量，但一使用咒印身體便會被侵蝕，分1.2兩種狀態(tài)，其中最強的是天之咒?。ㄗ糁ㄓ窒醇t豆）和地之咒?。ň閰危?，植入咒印的成功率是十分之一，失敗者將死亡。所以，大蛇丸自身沒有咒印。而在漫畫第593話中，咒印還可以作為大蛇丸復(fù)活的東西，即使大蛇丸死亡，只要有咒印的存在，就可以將大蛇丸從咒印中復(fù)活。
忍術(shù)
土遁土替身·裂以泥土造出的替身。
風(fēng)遁大突破制造狂風(fēng)的C級忍術(shù)，無需結(jié)印，聽起來很簡單，但規(guī)模的大小因應(yīng)施術(shù)者的能力而不同，優(yōu)秀的忍者使用時，風(fēng)力具有吹倒一片百年大樹的破壞力。若是大蛇丸使用，就是吹倒眼前一切的暴風(fēng)。
定身術(shù)D級，就像是以無形鋼索牽制著對手身體的定身術(shù)，這是一種下忍也懂得使用的基本忍術(shù)，但強度就因施術(shù)者而異。此外，能力高的施術(shù)者可以同時束縛數(shù)名對手，中忍考試時“死亡森林”內(nèi)的巨型老虎也被木葉暗部施展的這種忍術(shù)束縛的無法動彈。
瞬身術(shù)D級，如陣風(fēng)似的高速移動術(shù)，速度之快肉眼無法捕捉，普通人看來就像是施術(shù)者突然空間轉(zhuǎn)移了，但其實是利用了查克拉的高速移動技，而所需的查克拉量會因應(yīng)移動距離和高低有所變化。
手里劍影分身之術(shù)A級，這是三代火影從第二代火影開發(fā)的影分身之術(shù)中獲得靈感所創(chuàng)造出來的忍術(shù)，屬于超高難度忍術(shù)，以查克拉增加手里劍的數(shù)目，形成天羅地網(wǎng)般的劍陣。把一枚手里劍分為數(shù)以萬計，是一種忍具和忍術(shù)的組合術(shù)。這種物質(zhì)的影分身比一般的影分身難度更高，事前無須任何準備，而且每個影分身都是實體，即每個手里劍都具備極強的殺傷力。
潛影蛇肢C級，以藏在袖口數(shù)條蛇出其不意的偷襲對手，蛇群會以咬/纏身的方法對付敵人，再加上它們是被召喚出來的，所以比一般的蛇更有力氣和智慧，有利制服敵人。
潛影多蛇手B級，比潛影蛇肢召喚出來的蛇要多的多，提高了多樣性的忍術(shù)。瞬間召喚出來的多條大蛇分別擔當威嚇、牽制、捕捉等任務(wù)，達到多重連擊的效果。對方還沒反應(yīng)過來就已經(jīng)被束縛住了。束縛住對手四肢的大蛇以及攻擊要害的大蛇…蛇的數(shù)量大增之后比起動作，統(tǒng)一進攻顯得更重要。并且大蛇具備分別攻擊多個敵人的智慧。
猛蛇踏步放出兩條巨大的蛇對敵人攻擊。
擊滅亂蛇放出多個蛇，攻擊對手。
萬蛇羅之陣通靈出無數(shù)條蛇從口中爬出來襲擊敵人，能使對手被活活埋入蛇群之中。
軟體改造身體經(jīng)過特別改造，大大增強柔軟度及伸縮度的一種大蛇丸自創(chuàng)的秘傳忍術(shù)。經(jīng)過改造的身體可以自由伸縮或向任何角度扭曲。本來是為了間諜活動而創(chuàng)造的技術(shù)，但也可以把手腳變成皮鞭般發(fā)動攻擊。
大蛇流替身術(shù)用外部的身體作為替身，從口中轉(zhuǎn)移出本身，不需要結(jié)印，是最完美的替身術(shù)，連天照都可以避開，但是除大蛇丸之外的人使用會消耗自身大量查克拉。
邪蛇蜿蜒通靈出一條蜿蜒的巨蛇把敵人撞向高空。
白蛇本體白鱗大蛇飛出打擊敵人后回去。
邪蛇腕爆召喚出幾條巨蛇吞噬敵人，然后用查克拉引爆巨蛇。
舌蛇吸咽從口中吐出一條蛇，捆住敵人脖子，從而吸血。
陀演呂迦用蛇將敵人打上天空，再召喚兩條大蛇左右夾擊。
白鱗大蛇現(xiàn)出白鱗大蛇真身，每塊蛇鱗也可化成蛇。能夠吸收對手及其能力。
消寫顏術(shù)B級，這是將別人的容貌據(jù)為己有的冷血忍術(shù)，由于是真的人面皮，所以毫無破綻。大蛇丸就是用這種忍術(shù)假扮草忍混入中忍考試，受害者被發(fā)現(xiàn)時已變成沒有容貌的尸體。
禁術(shù)
雙蛇相殘A級，大蛇丸傳授給紅豆的禁術(shù)，抓住敵人的手再配合自己結(jié)出一個手印方可使用，會與對手同歸于盡。
不尸轉(zhuǎn)生
把精神轉(zhuǎn)移到別人的身體中，藉此得到永遠生命的術(shù)。大蛇丸在經(jīng)歷常年的人體實驗后，成功地開發(fā)出這種術(shù)。本來與長生不老有關(guān)的術(shù)會被視為禁術(shù)，但是大蛇丸為了達成自己的野心而犧牲許多人來使用這個術(shù)。不過用了這種術(shù)，在接下來的幾年之內(nèi)，會無法轉(zhuǎn)生到別的身體上。
八岐之術(shù)S級的禁術(shù)，以大蛇丸的才能掌握此術(shù)都用了一個月。令人恐懼被稱為“神龍”的巨大白蛇，有著超過萬蛇的身軀和露出鋒利的牙，被宇智波佐助吞噬的大蛇丸趁著佐助的查克拉用盡之際，釋放出最后的秘術(shù)。從佐助的“咒印”中出現(xiàn)的是以“白蛇”為媒介，大蛇丸變化的八岐大蛇，是大蛇丸最強的術(shù)之一，是長久不變的執(zhí)念的化身?。?p> 幻術(shù)奈落見之術(shù)一種幻術(shù)。在第七班在死之森林與大蛇丸的遭遇中，小櫻等人透過大蛇丸眼中的殺意看見了自己將死的慘狀。
通靈術(shù)
三重羅生門
繼承初代火影的五重羅生門。毫無顧忌地張開的大口，是為了吸收一切攻擊而召喚出來的防御壁--羅生門，而將這樣的羅生門同時召喚三重出來就是大蛇丸施展的物理防御術(shù)！
承受正面而來的攻擊的第一重門，將威力攻擊減小的第二重門，將攻擊壓力擴散的第三重門…根據(jù)這功能各異的三重門，一切的攻擊來到術(shù)者面前的時候威力已經(jīng)大幅下降了。
召喚一重羅生門就需要大量的查克拉，竟然同時召喚出三重…自從初代火影之后，木葉只有大蛇丸才可能使出這究極的絕對防御忍術(shù)。從地獄召喚出來的修羅之門，就像嘲笑對手一樣，輕輕地把攻擊擋了下來。接下來，被大蛇丸看中的獵物只能抱著無比的絕望。
穢土轉(zhuǎn)生
S級，此術(shù)由第二代火影開發(fā)的異界通靈禁術(shù)，可將早已去世的人的靈魂召喚回人世并以實體的形式復(fù)活，提取死者少量身體組織（DNA），即可其他活人為容器轉(zhuǎn)生并操控死者，被轉(zhuǎn)生者的肉體摧毀后可立即恢復(fù)，其是否保留有自身的情感意志由施術(shù)者決定。這種術(shù)能令死者復(fù)活并由施術(shù)者控制。它必需要用活人來當作預(yù)轉(zhuǎn)生之人的容器。讓死者的靈魂依附在容器上，并以塵土覆蓋著身體，以便幻化成死者的本來面目之后用刻有符篆的苦無進入后腦進行控制。由于忍術(shù)有違人道，因此被第二代火影列為禁術(shù)，屬于一種神秘忍術(shù)。
巨大蛇與大蛇簽下契約，可以在喜歡的時候召喚出來。
萬蛇大蛇丸的最強通靈獸。
蛇睨咒縛召喚出來的兩條大蛇從袖口爬出來，并將眼前的敵人緊緊纏住。既可以生擒敵人，也可以束縛敵人之后發(fā)動攻擊，在某些情況下還能讓對手死于預(yù)先做好召喚準備，能夠不用結(jié)出以血為媒介的通靈結(jié)印也能立即發(fā)動召喚術(shù)。
封印術(shù)
五行封印A級，把查克拉集中在五根手指上，用金、木、水、火、土來封印魔物的封印術(shù)。為擾亂第四代火影刻在鳴人身上的偶數(shù)四象卦印的力量，大蛇丸在上面加上了奇數(shù)的五行封印，令鳴人無法使用九尾的查克拉。后來鳴人自己的查克拉和九尾的查克拉互相牽制，令他苦不堪言。
尸鬼封盡·解在得到死神面具后將其附于自身使自己具象化為死神，從而達到切開死神胃部，釋放被尸鬼封盡封印的靈魂的目的，但需要以自身肉體作為祭品。
其他此外，他也能掌握仙術(shù)查克拉的使用，如施展咒印、從兜身上吸取仙術(shù)查克拉。
草薙劍從自己口中所含的小蛇嘴中抻出的可長可短的劍，由世界上最硬的物質(zhì)打造。最大伸展極限未知，與半尾獸化的鳴人戰(zhàn)斗時曾伸長過一萬多米。
草薙劍·空之太刀草薙劍是從大蛇丸體內(nèi)所召喚出來的東西，即使不在手邊，但還是會受到大蛇丸的控制。而這就是能自由操縱那把劍在天空飛舞的大蛇丸特有之術(shù)。這把刀的鋒利程度，連擁有金剛身軀的猿魔碰觸到，都會感到疼痛。當「草薙劍」在空中飛舞時，刀刃會沾滿被這把刀斬倒之所有獵物的鮮血。
基因改造技術(shù)
將普通人從基因?qū)用婕右愿脑?，從而獲得其他能力，比起強行植入細胞更加完善，可以說是真正將他人的能力繼承到自己的血脈里。如大和便是幼年時期作為大蛇丸的實驗體，被植入柱間細胞進行培養(yǎng)。因為幼體缺乏足夠的耐力來承受柱間細胞之力，同期其余五十九個試驗體幼兒相繼死亡，但大和最終依靠自身求生的意念頑強地存活了下來，承受住了身體內(nèi)所移植的柱間細胞之力并因此繼承了初代火影的血繼限界。
克隆技術(shù)
利用生物技術(shù)由無性生殖產(chǎn)生與原個體有完全相同基因組織后代。宇智波信未成年時，為了學(xué)習(xí)克隆技術(shù)，曾經(jīng)自愿成為大蛇丸的實驗體之一。因為信的體質(zhì)非常特殊，對移植在自己身上的任何組織不會出現(xiàn)絲毫排斥反應(yīng)。所以大蛇丸還用信的細胞克隆出了許多信的克隆人。后來，信帶著幾只自己的克隆人“兒子”們叛離大蛇丸，并將他們作為自己“獲得新血肉的道具”兼“備用臟器的倉庫”。這些克隆人擁有真正的宇智波血脈，一誕生雙眼都是三勾玉寫輪眼，還可以開啟萬花筒寫輪眼。
寫輪眼手臂
大蛇丸在信身上移植了許多志村團藏在宇智波滅族事件中收集到的寫輪眼，又在信已經(jīng)移植好各種寫輪眼的右臂中，植入了柱間細胞來增加肉體能量，與十一只寫輪眼具有的極強精神能量加以平衡，之后送給團藏，作為團藏的新右臂。
細胞移植技術(shù)
通過將忍者們的細胞移植到自己的體內(nèi)，從而獲得對方的所有血繼能力與忍術(shù)。兜在移植了音忍五人眾的細胞后就能使出他們的血繼限界和忍術(shù)。但是大蛇丸本人并沒有使用過這項技術(shù)。
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基因改造技術(shù)
將普通人從基因?qū)用婕右愿脑?，從而獲得其他能力，比起強行植入細胞更加完善，可以說是真正將他人的能力繼承到自己的血脈里。如大和便是幼年時期作為大蛇丸的實驗體，被植入柱間細胞進行培養(yǎng)。因為幼體缺乏足夠的耐力來承受柱間細胞之力，同期其余五十九個試驗體幼兒相繼死亡，但大和最終依靠自身求生的意念頑強地存活了下來，承受住了身體內(nèi)所移植的柱間細胞之力并因此繼承了初代火影的血繼限界。
克隆技術(shù)
利用生物技術(shù)由無性生殖產(chǎn)生與原個體有完全相同基因組織后代。宇智波信未成年時，為了學(xué)習(xí)克隆技術(shù)，曾經(jīng)自愿成為大蛇丸的實驗體之一。因為信的體質(zhì)非常特殊，對移植在自己身上的任何組織不會出現(xiàn)絲毫排斥反應(yīng)。所以大蛇丸還用信的細胞克隆出了許多信的克隆人。后來，信帶著幾只自己的克隆人“兒子”們叛離大蛇丸，并將他們作為自己“獲得新血肉的道具”兼“備用臟器的倉庫”。這些克隆人擁有真正的宇智波血脈，一誕生雙眼都是三勾玉寫輪眼，還可以開啟萬花筒寫輪眼。
寫輪眼手臂
大蛇丸在信身上移植了許多志村團藏在宇智波滅族事件中收集到的寫輪眼，又在信已經(jīng)移植好各種寫輪眼的右臂中，植入了柱間細胞來增加肉體能量，與十一只寫輪眼具有的極強精神能量加以平衡，之后送給團藏，作為團藏的新右臂。
細胞移植技術(shù)
通過將忍者們的細胞移植到自己的體內(nèi)，從而獲得對方的所有血繼能力與忍術(shù)。兜在移植了音忍五人眾的細胞后就能使出他們的血繼限界和忍術(shù)。但是大蛇丸本人并沒有使用過這項技術(shù)。
機甲鳴人
大蛇丸為了控制九尾的查克拉而制造出來的機械人柱力，因為是按照鳴人為藍本制造的，所以他與鳴人一樣有著同樣的思想和能力。全身裝備著不存在于忍者世界的炮擊、導(dǎo)彈類熱兵器，就像輪回眼的修羅道能力一樣，是非常強大的科學(xué)產(chǎn)品。實力與鳴人不相上下，甚至能夠尾獸化并且使用尾獸玉。
機甲九尾
大蛇丸制造的機械尾獸，實力強大，被大蛇丸放出后襲擊木葉，眾多忍者也無能為力，最后是機甲鳴人用他剩余的九尾查克拉與它同歸于盡。
人造人技術(shù)
利用生物技術(shù)創(chuàng)造出真正的人類。巳月就是大蛇丸結(jié)合多種優(yōu)良基因制造出來的人造人之一，有一個已經(jīng)成年的人造人哥哥“l(fā)og”。兩個人均被大蛇丸視為親生孩子一般對待。可以說是大蛇丸最有意義最具溫情的作品了。
大蛇丸自幼父母雙亡，與自來也、綱手為木葉隱忍者學(xué)校
的同期學(xué)員。六歲在忍者學(xué)校畢業(yè)后，被分配到三代目火影猿飛日斬所帶領(lǐng)的班級。
他被第三代火影評為“是個才華洋溢的少年，數(shù)十年才出現(xiàn)一個的天才”，因此得師父器重，也讓自來也對其產(chǎn)生嫉妒之意，認為“猿飛老師心中只有大蛇丸一個”。
因此在年幼時期，他跟自來也的關(guān)系一直處于互相支持，同時也互相競爭的狀態(tài)（如同旗木卡卡西所說的，就像漩渦鳴人和宇智波佐助的關(guān)系一樣）。
因為看到了父母及同伴一個個的死亡，本性善良的大蛇丸感覺受到了生命的脆弱，而大蛇丸本身熱愛研究，所以便開始研究不老不死之術(shù)以及復(fù)活死者的術(shù)。
在第二次忍界大戰(zhàn)中，大蛇丸和自來也、綱手曾聯(lián)手跟雨隱村頭目“山椒魚半藏”對戰(zhàn)。其他木葉忍者死傷過半，只有他們?nèi)四苤С值阶詈?，半藏因而賦予他們“木葉三忍”的稱號。而在當年的雨隱村任務(wù)中，他們?nèi)艘嗯加錾先觌[村的孤兒，小南、彌彥和長門。原本大蛇丸想殺死三個戰(zhàn)爭孤兒，但他們因為有自來也的維護的存活下來，更得到自來也傳授忍術(shù)。大蛇丸當過御手洗紅豆的老師，是木葉備受尊敬的忍者，也曾經(jīng)一度被認為是第三代火影的繼承者。亦曾經(jīng)擔任根的成員，并招攬了藥師兜成為他的情報收集員及得力助手。
但后來由于一心研究禁術(shù)，并抓走村中忍者作為實驗對象。令第三代火影及暗部留意他的古怪行
為，最終他叛離木葉，成為叛忍。（當時仍處于全盛時期的三代本想殺他，但最后于心不忍）
他叛離木葉的時候，自來也曾經(jīng)追上去挽留他，但還是無法改變他離開木葉的決定。后來自來也仍因為當時無法把走向歧路的好朋友勸回來而自責(zé)不已，他也因此連火影也不當，多年來都暗中追查大蛇丸的行蹤。曾經(jīng)初代火影柱間在與宇智波斑的激戰(zhàn)中，使用木遁秘術(shù)制服
了九尾，但是在他之后沒有人繼承此術(shù)，要想制服尾獸，寫輪眼或木遁必不可少，于是，木葉村開始傾盡全村之力為復(fù)活初代木遁秘術(shù)而做起研究。然而，在自愿成為試驗體的成年人身上進行的柱間細胞移植試驗，卻不斷失敗，增加不少犧牲者，因此這番嘗試被視為禁術(shù)并封印了起來。
然而，大蛇丸為了收集各種忍術(shù)，所以仍舊在繼續(xù)已被封禁的柱間細胞移植試驗，他陸續(xù)綁架了村中的下忍、中忍、暗部以及木葉周邊村落的六十名嬰兒，他從初代火影的尸體中提取出遺傳基因，然后把遺傳基因注入六十個嬰兒的身體中進行人體實驗，但排斥反應(yīng)很強烈，他們相繼死去...就在大蛇丸準備處理尸體的時候，因為其他的實驗暴露，所以大蛇丸最后離開了木葉。
不久后，在剛獲得風(fēng)魔一族的認同后收到了來自名為曉組織的來信，大蛇丸赴約后發(fā)現(xiàn)了天道佩恩的輪回眼，在一段欺騙后準備偷取佩恩的輪回眼，但卻不敵突然出現(xiàn)的佩恩六道。當?shù)弥獣詢?nèi)擁有大量的研究素材后答應(yīng)收集尾獸。在加入曉組織之后，戒指是“空”，指環(huán)戴在左手小拇指上，與蝎組隊。相信在那時候，他的轉(zhuǎn)生禁術(shù)即使還沒完全成功，也接近完成。在宇智波鼬加入后，由于想得到寫輪眼的力量，他試圖奪取宇智波鼬的身體當轉(zhuǎn)生容器，但被鼬的幻術(shù)定住。后來又因為與曉組織的目的不同最終離開曉。后來他集結(jié)勢力，在田之國建立了自己的忍者村－音忍者村，標記是八分音符，其勢力范圍位于火之國的北方。他的重要部下有紅蓮、鬼燈水月、重吾（北方據(jù)點）、香燐（南方據(jù)點）、藥師兜、音忍五人眾（即輝夜君麻呂、多由也、次郎坊、鬼童丸、左/右近）等。十二年后，此時的大蛇丸已進入中年時期，他與第四代風(fēng)影·羅砂結(jié)盟，二人聯(lián)手進攻木葉，其行動稱為“木葉崩潰計劃”。他以部下藥師兜作間諜潛入木葉隱村，而他自己也偽裝成一名來自草隱村的女中忍考生混入木葉隱村。在死亡森林中大蛇丸遇到宇智波佐助，因為大蛇丸打算以佐助的身體當轉(zhuǎn)生容器，所以給了佐助天之咒印，并預(yù)言佐助將會為報宇智波一族被滅之仇去找他追求力量。
后來，他暗殺第四代風(fēng)影，并偽裝成風(fēng)影，讓自己完全控制砂忍的行動。在第三場中忍正式考試中，偽裝成四代目風(fēng)影的大蛇丸受三代目火影特意邀請，來到木葉隱村中忍選拔會場與三代目火影一同觀賞這場淘汰賽，期間由大蛇丸的四名得力部下多由也、次郎坊、鬼童丸、左近右近偽裝成兩名砂隱忍者作為護衛(wèi)，由于宇智波佐助為趕來參加考試，三代火影多次推遲考試時間后佐助仍未來參加，隨后三代火影決定取消其資格，但因“四代目風(fēng)影”的勸阻，三代火影打消了此念頭。五十歲時他跟木葉的原盟友·第四代風(fēng)影結(jié)盟，二人合謀攻擊
木葉，其行動稱為“木葉崩潰計劃”。他以部下藥師兜作間諜潛入木葉忍村，而他自己也偽裝成一名來自草忍的中忍試女考生混入該村。并于死亡森林中遇到宇智波佐助，由于打算以他的身體作轉(zhuǎn)生容器，故意給了佐助天之咒印，并預(yù)言佐助將會為報宇智波一族被滅之仇去找他尋求力量。后來，他暗殺第四代風(fēng)影，并偽裝成風(fēng)影，讓自己完全控制砂忍的行動。他成功挑動起砂忍和木葉忍者之間的戰(zhàn)斗后，立時撕下偽裝，在由音忍四人眾所維持的結(jié)界里，跟第三代火影挑戰(zhàn)。
在戰(zhàn)斗前，大蛇丸以穢土轉(zhuǎn)生的形式將初代目火影與二代目火影復(fù)活，并將他們的意志完全抹殺，二人無法發(fā)揮原本的實力。
在戰(zhàn)斗過程中，使用水遁忍術(shù)與木遁秘術(shù)與猿飛日斬展開激烈的戰(zhàn)斗，他在往日的師父面前露出自己的真面目，面具下一個不為人知的年輕貌美的女忍者的臉，去證明自己的轉(zhuǎn)生術(shù)已經(jīng)成功，并已奪取了此人的身體作自己之用長達多年(此時大蛇丸雖然靈魂沒變，但在生理上完全是個女人，無面具偽裝時說話聲音為此女的聲音)。第三代火影見往日的弟子已經(jīng)走火入魔，決定清理門戶。
二人交戰(zhàn)時最初打得不相上下，第三代火影雖被稱為“最強火影”，但
由于年邁體衰，實力不如年輕時期，無法招架，只好使用當年四代目火影封印九尾的忍術(shù)——尸鬼封盡，三代目火影用兩個影分身將初代火影和二代火影封印，由自己的本體封印大蛇丸，但由于在封印過程中，大蛇丸操縱草雍劍將第三代火影重創(chuàng)，最終未能完全封印大蛇丸，只廢了他的雙手，使其無法使用忍術(shù)。他的雙手被廢掉后，失去了使用忍術(shù)的能力（因為絕大部分忍術(shù)皆要以手結(jié)印和提煉查克拉才能使出），只好帶領(lǐng)音忍撤退。砂忍后來才知道真正的風(fēng)影已被大蛇丸暗殺，就跟木葉重訂和約。大蛇丸這場“木葉崩潰計劃”，最終以失敗告終。大蛇丸為了治療雙手，他和部下兜主動去短冊街找三忍的醫(yī)療圣手
-綱手請求診治。由于綱手態(tài)度強硬，大蛇丸以替綱手死去的弟弟和戀人復(fù)活（即穢土轉(zhuǎn)生禁術(shù)）作交易條件，并以七日為限期。七日后雙方再次交涉，但綱手拒絕了大蛇丸的提議，大蛇丸和兜見狀露出了殺心。同時自來也和鳴人也趕到了現(xiàn)場。最初大蛇丸利用綱手怕血這一弱點穩(wěn)占上風(fēng)，但隨后綱手就被鳴人激勵擺脫了對血的恐懼，使用了創(chuàng)造再生，三忍展開大戰(zhàn)。
鳴人先于三忍大戰(zhàn)對兜使用了剛學(xué)會的忍術(shù)-螺旋丸并成功重創(chuàng)了兜，但自己也因體力不支而昏倒。此時大蛇丸和自來也正打得十分激烈，大蛇丸本想趁此機會解決掉鳴人，結(jié)果劍被綱手擋住，大蛇丸沒能得逞。之后大蛇丸以及萬蛇均被擊敗，大蛇丸和兜撤退。
之后，大蛇丸因受不了原來女人身體雙手被封印所帶來的痛苦，故命令音忍四人眾前往勸說佐助投靠音隱村。佐助到來前，大蛇丸不得不拋棄已無法使用雙手的美麗女人身體（因轉(zhuǎn)生對靈魂有損傷，所以在容器還能用時，不會輕易轉(zhuǎn)生。）臨時以忍者幻幽丸的身體進行靈魂轉(zhuǎn)生。盡管后來音忍四人眾及擁有血繼限界的君麻呂徹底死亡，但成功讓佐助來到音隱村，并積極對其進行培訓(xùn)，企圖用佐助作為下一個容器。三年后，木葉村的“新第七班”隊長大和從‘曉’的蝎處得到消息，知道其派往大蛇丸的臥底將于天地橋處跟其會面，并欲籍此找到關(guān)于佐助的線索，令大蛇丸吃驚的是，試驗體大和存活了下來，隨后與因憤怒而化成四尾妖狐的鳴人進行了一場激烈的戰(zhàn)斗（兜稱這是怪物之間的戰(zhàn)斗），后來卻因身體已達極限，故帶同兜及團藏派來交涉的佐井一起離開。但大和班眾人沒有放棄，追蹤至大蛇丸的巢穴，找出并成功勸告佐井歸隊。之后他們分成兩隊，以求加快尋找佐助的位置。途中佐井及鳴人一隊卻碰上了大蛇丸，大蛇丸跟鳴人再度交手，而鳴人卻讓佐井先去尋找佐助。后小櫻及大和前來支援，大蛇丸不欲戰(zhàn)斗而遁去無蹤。
不久，鳴人、小櫻跟佐助再度見面，但佐助卻不領(lǐng)舊情，欲把他們?nèi)繗⒌?。這時大蛇丸突然出現(xiàn)，出奇地阻止佐助殺死鳴人他們，因為大蛇丸認為他們還有利用價值，可替他多殺掉幾個‘曉’的成員(因為大蛇丸曾是‘曉’的成員，后叛離而同時給‘曉’追殺)。佐助會意而放棄殺害鳴人等人的念頭，和大蛇丸一起隨風(fēng)而消逝。不尸轉(zhuǎn)生的三年期限結(jié)束后，連兜的藥也救不了他，大蛇丸認為是時候利用佐助的身體進行靈界轉(zhuǎn)生。
另一邊佐助認為大蛇丸該教他的全都學(xué)會了，沒有什么利用價值，故先發(fā)制人，沖進其房間進行刺殺。大蛇丸也不甘示弱，使用白蛇使役術(shù)將自己變?yōu)轶w型龐大的巨蛇，威力極為強大。大蛇丸打算通過此術(shù)來占據(jù)佐助的身體，結(jié)果因身體極其虛弱，不敵佐助的寫輪眼而被佐助吸收，靈魂與力量被完全壓制。
之后，佐助與自己的哥哥鼬戰(zhàn)斗時，由于查克拉耗盡而釋放出大蛇丸，他重見天日后本欲與鼬一較高下，結(jié)果被自己苦心尋找的十拳劍封印，保命用的小白蛇也被鼬的天照燒死。第四次忍界大戰(zhàn)期間，佐助、重吾、水月將大蛇丸從御手洗紅豆的咒印中復(fù)活，并從兜身上取回了自己的查克拉以及兜在這期間所掌握的情報，與佐助、水月和重吾一同去尋找“知道一切真相的人”。之后大蛇丸在宇智波一族的南賀神社利用之前留下卷軸的內(nèi)容將被尸鬼封盡封印的自己雙手及前四代火影的靈魂放出，并利用附身在佐助身上的白絕施展穢土轉(zhuǎn)生，召喚了前四代火影；自己則以白蛇形態(tài)逃離因施術(shù)而瀕死的軀體，奪取了具有初代細胞的白絕身體，并且恢復(fù)了雙臂。大蛇丸在兜體內(nèi)的這段時間想通了，連一直學(xué)習(xí)自己生存方式，處心積慮計劃一切的兜都失敗了，故選擇幫助佐助，想要見證一個不同于自己的人生。佐助決定阻止宇智波斑的陰謀后，大蛇丸與鷹小隊剩余成員一同趕往戰(zhàn)場治療五影。
大蛇丸與三代火影聯(lián)手對抗神樹分裂體，師徒二人先利用大蛇丸潛影蛇手纏繞住神樹分裂體，之后三代火影使用金箍棒將神樹打斷。與綱手看見了自來也的墳?zāi)梗械綉M愧。經(jīng)過眾人不懈的努力，十尾人柱力帶土終于被擊敗了。
之后一只名為阿飛的漩渦狀白絕在戰(zhàn)場出現(xiàn)，攔住眾人去路。阿飛與以三代目火影為首的忍者聯(lián)軍們展開惡戰(zhàn)。與此同時，佐助被復(fù)活的宇智波斑擊倒，生死未卜。香燐想前去救治佐助，大蛇丸則勸誡香燐三人等待合適的時機再行動。后大蛇丸四人抓住時機，壓制住阿飛，并趁機突破阿飛的包圍圈，前去找到佐助。正當香燐三人擔心是否來的及治療佐助時，大蛇丸發(fā)現(xiàn)兜已經(jīng)在救治佐助。一段時間后，佐助被成功救醒。無限月讀開啟后，大蛇丸連同其他人一起中了此術(shù)并被神樹分裂體纏繞。
最終無限月讀解除，包括大蛇丸在內(nèi)的所有人終于重獲自由。
由于大蛇丸已經(jīng)改邪歸正，并且曾在第四次忍界大戰(zhàn)中帶領(lǐng)鷹小隊剩余成員立過功，所以不用再被列入叛忍名單中，并且被允許在不涉及他人生命安全的情況下繼續(xù)做實驗，但仍需要被歷代火影派人暗中監(jiān)視。
第四次忍界大戰(zhàn)結(jié)束后十幾年，鳴人已經(jīng)成為七代目火影，但此時卻出現(xiàn)了沖著佐助而來的新敵人宇智波信。鳴人與佐助認為此事與大蛇丸可能有關(guān)系，于是找到大蛇丸。
大蛇丸告訴鳴人與佐助，信其實曾經(jīng)是自己的實驗體之一：信的體質(zhì)非常特殊，對移植在自己身上的任何組織不會出現(xiàn)排斥反應(yīng)。因此，大蛇丸在信身上移植了許多團藏在宇智波滅族事件中收集到的寫輪眼，之后又將信已經(jīng)移植好各種寫輪眼的右臂送給團藏，作為團藏的新右臂。大蛇丸還曾用信的細胞克隆出了許多信的克隆人。后來，信帶著部分克隆人們離開大蛇丸。