前傳：藥師.兜！
前期作為大蛇丸的部下在木葉活躍，擅長使用醫(yī)療忍術(shù)。幼年時因受傷而失憶，被孤兒院院長藥師野乃宇收留，但后來因為團藏要挾野乃宇，于是自愿為野乃宇以及孤兒院去投靠團藏作為一個忍者活躍于木葉。
從小被當做間諜而游歷各國，但團藏卻安排兜與野乃宇自相殘殺，自從誤殺野乃宇后，兜就認為自己失去了生存意義。
與此同時，大蛇丸找到了兜，邀請兜加入音隱村，自此之后便當了大蛇丸的手下。大蛇丸被十拳劍封印后，兜為了尋找真實的自己而去模仿大蛇丸的生存道路，獲得了大蛇丸及其部下音忍五人眾的能力，而且自己在龍地洞修煉了仙人模式，并揚言利用他人來偽裝自己，探索世界的真理。在與佐助和鼬的戰(zhàn)斗中陷入幻術(shù)伊邪那美。最后重拾自我，并前往戰(zhàn)場治療佐助。戰(zhàn)后被允許在木葉開設(shè)孤兒院，回到自己最向往的生活。
“兜”的名字，是他在孤兒院時院長藥師野乃宇起的名字；“藥師”的姓氏則是繼承了野乃宇的姓氏。
“藥師”一詞源自傳說中的神祇藥師如來。傳說中的藥師如來能為信徒消除煩惱，免其受苦，消災(zāi)延壽，滅除一切災(zāi)劫病苦。另外，照字面意思，藥師的名字正顯示了其對藥物（兵糧丸、凝血丸）及醫(yī)術(shù)的精湛掌握，所以在漫畫中發(fā)現(xiàn)藥師兜使用過各種藥丸，以及高級的醫(yī)療忍術(shù)。
仙人模式
在制造查克拉的基礎(chǔ)上聚集自然能量，從而制造出仙術(shù)查克拉，威力是普通查克拉的兩倍甚至數(shù)倍，而且能夠利用自然能量感知周圍的查克拉或生命體。使用仙人模式后身體會發(fā)生一定的變化，只有出現(xiàn)眼影的仙人模式最為完全。
掌仙術(shù)屬于陽遁，在雙手上集中綠色的查克拉，當觸摸受傷者身體后不論內(nèi)傷外傷都可靠放出的查克拉達到驚異的恢復(fù)速度，也可藉由放出的查克拉干擾他人身體內(nèi)查克拉的循環(huán)，造成昏睡狀態(tài)等。
查克拉手術(shù)刀屬于陽遁，把查克拉集中在手部，可以切割身體任何一處做進一步醫(yī)療，也能移植任何器官，還可以用在戰(zhàn)斗中打斷對手的肌肉與經(jīng)絡(luò)，甚至可以作為武器切割對手。
陰愈傷滅屬于陽遁，與掌仙術(shù)等同屬醫(yī)療忍術(shù)。使用者要在受到對手攻擊前，正確判斷會被擊中的位置，并迅速在該位置集中一定分量的查克拉；被擊中后，傷口會自動回復(fù)。
死魂之術(shù)將已死之人的心臟臨時跳動起來，而自己則變成目標的尸體倒在地上并尋找機會逃離。兜在和大蛇丸見面后，暗殺了四名暗部并潛入佐助的病房，后來遇上前來保護佐助的旗木卡卡西，便利用這招把擁有寫輪眼的卡卡西給騙了。
大蛇丸流替身術(shù)兜融合了大蛇丸的身體細胞后所獲得的忍術(shù)。利用外部的身體作為替身，從口中鉆出本體，屬于完美的替身術(shù)。弱點是會消耗大量查克拉，且短時間內(nèi)身體虛弱。
潛影蛇手兜融合了大蛇丸的身體細胞后所獲得的忍術(shù)。原為大蛇丸所開發(fā)的忍法，從袖中快速竄出一條蟒蛇，以便牢牢綁住對方。
潛影多蛇手兜融合了大蛇丸的身體細胞后所獲得的忍術(shù)。潛影蛇手的加強版，蛇的數(shù)量變得更多，能夠短時間內(nèi)纏住對手。
水化之術(shù)兜利用大蛇丸實驗室所留下來的資料和研究報告，得到的鬼燈一族的能力。可以將肉體液化從而抵消一些攻擊。（這個術(shù)的名稱暫且不明，只是能力相仿水月的術(shù)，但應(yīng)該不是同一種術(shù)，僅供參考）
體能治愈兜調(diào)查屬于漩渦一族的香燐的身體后得到的忍術(shù)。一旦受到傷害就會自動恢復(fù)。
水遁
大瀑布之術(shù)使用查克拉使用猶如大瀑布的巨大水量猛烈沖擊敵人，殺傷力非常大。
水龍彈之術(shù)聚集大量的查克拉后制造出一條巨型水龍進行攻擊，施術(shù)速度快，沖擊力猛。兜在與佐鼬兄弟對戰(zhàn)時準備使出此術(shù)，卻被鼬用寫輪眼月讀來反擊，兜陷入伊邪那美輪回的時候，此術(shù)被鼬復(fù)制使用。
通靈術(shù)
穢土轉(zhuǎn)生之術(shù)此術(shù)由二代目火影開發(fā)，該術(shù)可將早已過世的忍者靈魂召喚回人世，并以實體的形式復(fù)生，被復(fù)活的人可以被施術(shù)者的操控，但施術(shù)者可以解除控制，此外如果被施術(shù)者知道穢土轉(zhuǎn)生的印可以主動解除穢土轉(zhuǎn)生契約。
蛇兜融合了大蛇丸的身體細胞后所獲得的忍術(shù)。與蛇簽訂血之契約，可以隨時通靈出不同數(shù)量及種類的蛇。
二代萬蛇利用萬蛇的細胞所制成的新萬蛇，與萬蛇的區(qū)別是長出了前肢，實力比萬蛇強。能輕松纏住雷之國海岸上的巨型島龜?shù)牟弊印?p> 幻術(shù)涅盤精舍之術(shù)只要看到降落的白色羽毛，會進入安詳而深沉的睡眠，與一般幻術(shù)不同的是范圍非常廣泛。兜曾用此招令中忍考試的所有觀眾進入睡眠。（除了卡卡西、凱、小櫻、鹿丸以及一些音忍）
仙術(shù)
仙法
白激之術(shù)
藥師兜進入仙人模式使用的仙術(shù)之一，此術(shù)的效果可以讓周圍一定區(qū)域內(nèi)的空氣會不斷的振動，從而讓受攻擊者感覺全身的骨頭都在摩擦，甚至導(dǎo)致受攻擊者身體麻木，并且施展此術(shù)所發(fā)出的強光和聲音會損害受攻擊者的視覺和聽覺。此術(shù)之可怕，導(dǎo)致對手都無法維持須佐能乎的狀態(tài)?？梢宰屔眢w液化，輕易緩沖震動，還可以通過蛇的眼角膜遮擋強光，還可防必須通過目光對視才能發(fā)動的寫輪眼幻術(shù)，所以在這個術(shù)的效果下，白蛇仙人可以自由行動。
無機轉(zhuǎn)生
藥師兜進入仙人模式使用的仙術(shù)之一，這是一種可以賦予沒有生命的無機物以生命并加以控制的轉(zhuǎn)生忍術(shù)。并非是簡單的利用查克拉控制物質(zhì)的忍術(shù)，并且該術(shù)的作用下無機物行動迅速。
傳異遠影先利用左近的雙魔之術(shù)使身體分裂出一個個體，然后可以使用兜移植過細胞的忍者們的術(shù)。
移植忍術(shù)雙魔之術(shù)兜移植了音忍五人眾之一的左近的細胞后所得到的忍術(shù)。在自己的身體腹部上生出一個獨立行動的個體，不過與左近和右近這兩個擁有獨立意識的個體不同，此個體依然受到了兜的控制，只不過是兜施展忍術(shù)的媒介。該個體可以變成左近、次郎坊、多由也、鬼童丸、君麻呂和大蛇丸的形象。
土遁土陸翻轉(zhuǎn)兜移植了音忍五人眾之一的次郎坊的細胞后所得到的忍術(shù)?？梢园亚胺降耐恋靥崞饋聿⒎殖蓛砂?，以便制造出一條裂縫坑。兜使用的目的是在被天照大火覆蓋的區(qū)域開一條路。此招大和也曾使用過。
蜘蛛巢開兜移植了音忍五人眾之一的鬼童丸的細胞后所得到的忍術(shù)。制造一張或多張巨大的蜘蛛網(wǎng)困住對手，一般的刀無法切斷。
魔笛音鎖兜移植了音忍五人眾之一的多由也的細胞后所得到的忍術(shù)。兜用君麻呂的骨頭做了根笛子，用笛音迷惑在進入虛擬幻鏡，身體被束縛著的慢慢開始融化，曾以此同時令鼬和佐助陷入幻術(shù)當中。
早蕨之舞兜移植了音忍五人眾之一的君麻呂的細胞后所得到的忍術(shù)。連續(xù)性地從地上快速長出尖銳化的骨頭襲擊對手，生長停止后總共的數(shù)量極多，后被宇智波鼬用須佐能乎解決掉。
白鱗大蛇兜移植了大蛇丸的細胞后所得到的忍術(shù)。化身成白鱗大蛇，每塊蛇鱗也可化成蛇。能夠吸收對手及其能力。
藥師野乃宇養(yǎng)母曾是根的成員之一，之后擔(dān)任了一所孤兒院的院長。對于兜來說，野乃宇對他一生的影響都是至關(guān)重要的，就像是自己的媽媽一樣。
烏魯西“哥哥”與兜被同一所孤兒院中收留，外傳中則與兜一同在木葉忍村開設(shè)孤兒院。
大蛇丸上司火之國木葉村的叛忍，木葉村的“三忍”之一，與自來也、綱手同為第三代火影猿飛日斬的弟子。
蝎被譽為天才傀儡造型師，人稱“赤砂之蝎”。曾經(jīng)作為大蛇丸的探子做過蝎手下的間諜。
赤胴鎧
隊友
雖然表面上是木葉的往屆學(xué)生，但是他的真正身份是音村的間諜。
劍美澄音忍村的忍者，帶著一副圓邊眼鏡和長條口罩把容貌遮住。
宇智波信的剩余克隆人們養(yǎng)子外表上是少年男性。白色短發(fā)，皮膚蒼白，衣服背面是宇智波一族家徽。僅雙眼為寫輪眼。
第三次忍界大戰(zhàn)時期，兜在不知父母及名字的狀況下被孤兒院院長藥師野乃宇收留，幼年時期就天資聰穎，但由于視力不佳，因此院長將自己的眼鏡送給兜，同時學(xué)會了醫(yī)療忍術(shù)，但在一次幫助木葉忍者療傷時初次遇見了還是木葉忍者的大蛇丸，因此被大蛇丸發(fā)現(xiàn)他的天賦。后來志村團藏連同大蛇丸和一名油女一族成員突然出現(xiàn)在孤兒院，威脅曾在諜報部有“行走的巫女”之稱、舊名藥師野乃宇的院長前去長期偵察巖忍者村是否有擬定大規(guī)模作戰(zhàn)計劃，團藏在察覺到在窗外偷聽的兜后，聲稱需要孩童成為木葉忍者來替補獲得這次情報犧牲的團藏部下，并以補助金作為交換條件，成功將兜納入自己麾下。
從此，兜被培訓(xùn)成忍者間諜，在云、霧、砂、巖等其余國家的忍者村搜集情報，擅長偽裝自己的行蹤及氣息。
五年后在巖忍者村待命的兜因為失誤遭遇襲擊，與他交戰(zhàn)重傷的敵方忍者竟然就是院長，試著呼叫她，但瀕臨死亡的院長不認得他，隨后兜被其他支援的敵方忍者逼退，迷惘的兜獨自一人到了河邊思考著自己為何會被最重要的人給遺忘，這時遇見大蛇丸，被帶至他的基地作為第一位訪客，隨后從大蛇丸口中得知團藏在他一離開孤兒院就向院長說出其實兜是為了他們的補助金而自我犧牲、加入了“根”，在院長的請求下團藏宣稱只要殺死某個人就會解放兜，而那個要殺死的人實際上就是“真正的兜”，原來一開始團藏為了避免兩人相遇把他們分配到不同地方執(zhí)行任務(wù)，院長只能借由照片了解兜的成長過程和安全與否，而照片在中途被換成別人的照片，導(dǎo)致不知情的院長去殺害被她當成雙重間諜又試圖解救的兜本人，而大蛇丸原本是奉命要同時解決掉兜和院長，但是因為看上兜的才能而不想執(zhí)行，在得知真相的兜決定接受大蛇丸邀請加入不隸屬任何國家的音忍者村，并利用大蛇丸為他捏造的身份重返木葉。
大蛇丸加入曉以后，讓兜假裝跟隨蝎。蝎以為兜被自己施了術(shù)以后，成了自己派去打入大蛇丸身邊的間諜，但蝎沒有想到的是，大蛇丸破解了他在兜身上施展的術(shù)，并反過來利用這一點刺探曉的情報。
初次在中忍選拔試會場內(nèi)登場。當時他以木葉忍者村下忍的身份，前來參加考試，而且似乎是連續(xù)七次、共花了四年也沒考上中忍（至少兩次中途放棄），其實是為了收集情報。他的隊友是赤銅鎧及劍美澄（實際上三人均是音忍者村的臥底）。一出場他便遇上了鳴人等九位新人，并以熱情的態(tài)度，利用忍者卡為他們詳細解釋前來參加考試的考生類型、能力、原屬隱村及人數(shù)等。但當他談及音隱村時，似乎說了些輕視音隱村的話，隨即遭到音忍托斯的攻擊。他自以為已避開托斯的攻擊，但孰料托斯使用的是音波攻擊，使他耳水不平衡、嘔吐及眼鏡碎裂（事后對大蛇丸透露自己先前不知道會有這些代表音隱村的忍者參賽，因此才會刻意隱藏實力試探他們）。后來第一場考試的考官森乃伊比基的出現(xiàn)，中止了音忍、藥師兜及鳴人他們之間的胡鬧。
到了第二場中忍考試──“死亡森林”臨近結(jié)束時，他遇上了有“地之卷軸”、但沒有“天之卷軸”（通過考試所需之兩卷軸）的鳴人他們。佐助得知兜已取得了“天之卷軸”及“地之卷軸”，就提出跟兜交戰(zhàn)的要求。
但兜認為他們?nèi)缛粝肴〉谩疤熘磔S”，就更應(yīng)該到終點塔之附近埋伏，因為那里有比較多的考生正趕赴終點。不過，兜亦指出那里也有其他跟他們相同想法、并在那里埋伏的考生，所以為了自身安全要和他們一同前往終點之塔。
就在差不多到了塔附近之時，遇上了來自雨隱村的下忍篝、夢多及朧。
因這三名雨忍不擅長近身攻擊，所以他們使用了自己擅長的幻術(shù)及分身術(shù)，并把自己的真身隱藏起來。他們的目的就是想利用分身消耗鳴人、兜他們的體力，等鳴人他們的查克拉用盡后，便現(xiàn)身解決他們。兜在與分身的戰(zhàn)斗中，為了保護鳴人他們而被偷襲受傷。后雨忍三人的真身被發(fā)現(xiàn)，并被漩渦鳴人擊敗，成功取得“天之卷軸”。兜及鳴人四人順利到下一場考試的試場。
但就在中忍預(yù)賽考試前夕，他與隊友私下跟前來奪取佐助的大蛇丸會面，匯報了佐助的情況及表現(xiàn)。之后以受傷為由先行退出第三場考試的預(yù)賽，讓鳴人為他感到遺憾。然而事實上當時只有我愛羅能夠打敗擁有上忍實力的兜。
中忍選拔試退出后，就一直活躍于大蛇丸身邊，并跟砂之上忍葉鬼保持聯(lián)絡(luò)，開始音忍、砂忍聯(lián)手攻打木葉隱村的準備。大蛇丸曾警告他不要做出違背目的的事，否則會殺死他（但后來戲說只是笑話），但他看著大蛇丸的未來容器──擁有寫輪眼的宇智波佐助就想到了自己，“太過優(yōu)秀其實是很悲哀的”，因為這個想法，他趁佐助在醫(yī)院休息（因中了大蛇丸天之咒印而不適）時，打敗旗木卡卡西派來看守病房的四名暗部忍者，打算刺殺佐助，之后他似乎想用刀刺在佐助身上，但其實他是把刀拋向早已來到病房的旗木卡卡西。沒想到站在那里的“兜”其實是他以死魂之術(shù)令其中一位已故暗部忍者暫時復(fù)活并變成自己制造假像，而自己則變身成暗部倒在地上，到適當時機便跳窗而逃，卡卡西亦表示面對兜未必能擊倒他。
在第三場正式考試開始時，化裝成暗部并出現(xiàn)于會場。他醫(yī)治了當時身有內(nèi)傷的日向雛田，但被犬冢牙的忍犬赤丸識破了身份，因此立即把牙及赤丸擊暈。及后當大蛇丸開始行動時，他便以幻術(shù)·涅盤精舍之術(shù)使會場所有人陷入深沉的睡眠，然后跟觀眾席內(nèi)隱藏的音忍及砂忍一起行動。他的身份亦很快被卡卡西揭穿，當大蛇丸的行動失敗、雙手被三代目火影廢去后，兜跟砂隱村的葉鬼一同離去。
木葉隱村之戰(zhàn)后，砂隱村亦向木葉隱村投降。此時大蛇丸的雙手被三代的尸鬼封盡廢去，不但要面對難以忍受的痛楚，而且也使不出忍術(shù)。作為大蛇丸身邊的心腹及醫(yī)療忍者，他特制各種藥物，但只能稍減大蛇丸的痛楚。最后決定一起前往尋找“傳說三忍”之一、擁有高超醫(yī)療忍術(shù)的綱手，讓她治療大蛇丸的雙手。后來他們在短冊街的城堡處找到了綱手。大蛇丸向綱手提出條件，只要她肯答應(yīng)醫(yī)治，就可以把她重要的人──斷及繩樹進行復(fù)活，以及不會摧毀木葉隱村為條件。綱手盡管很想見到親人，但她知道大蛇丸是不會輕易放過摧毀木葉隱村的機會，便假裝肯醫(yī)治大蛇丸，然后對他施以偷襲。兜看出綱手的偷襲，立即擲出手里劍分開大蛇丸及綱手。綱手跟大蛇丸、藥師兜之戰(zhàn)瞬間展開。
兜認為在城堡的地方不利于跟具有怪力的綱手對戰(zhàn)，于是便把綱手誘至山丘處。跟綱手一路打到山丘后，他服下兵糧丸，并使出具攻擊力的醫(yī)療忍術(shù)，把查克拉注入綱手手及腹的肌肉中，并加以損傷。對于兜的高超醫(yī)療忍術(shù)及身手，綱手也感到吃力。后來更對綱手胸口打了一掌，使其難于呼吸。綱手亦使出絕招──亂身沖，將查克拉化成電力注入兜體內(nèi)，麻痹其神經(jīng)系統(tǒng)，令兜不能自由活動。但憑兜的醫(yī)療知識，也很快就突破麻痹狀態(tài)，正想進行反擊；剛好也被趕到的自來也、靜音及鳴人擊退。
同時面對兩名傳說三忍－自來也及綱手，兜決定先麻痹綱手的攻擊，向她展示她最害怕的血液；頓時綱手全身顫抖、動也不能動，只能任人攻擊。兜也向鳴人揭露自己的真實身份，嘲笑鳴人只是個無能的小鬼，沒有當忍者的才能。被兜挑釁的鳴人，自然不會放過兜。鳴人以多重影分身術(shù)攻擊兜，但就如自來也所說，鳴人的實力和兜相差太遠，完全不到作用。因此，自來也決定自己來對付大蛇丸，讓靜音與兜對戰(zhàn)；另一方面，兜也協(xié)助大蛇丸召喚巨蛇。巨蛇襲向自來也他們，而兜襲擊帶著綱手逃離的靜音。兜躲過靜音的毒霧，然后從地中抓著并打斷靜音的腳筋，把她重摔在地上，并狂踢正于一旁顫抖的綱手。鳴人前來阻止，以護額擋住兜對綱手的攻擊；但因大腿骨受傷、小腿伸直肌又被兜打斷，無法跟兜對戰(zhàn)，被兜輕松壓制，勸鳴人快放棄成為火影的夢想、舍棄同伴及逃走。
盡管如此，以鳴人的強硬性格，依舊站在綱手面前保護她。鳴人約定要贏得綱手身上的項鏈、成為火影，奇跡般地接下了兜的致命攻擊，并以剛學(xué)會的螺旋丸一擊重創(chuàng)兜，傷及其內(nèi)臟，連兜的醫(yī)療忍術(shù)也無法自愈。但兜在與鳴人接觸的一瞬間，已用查克拉手術(shù)刀把鳴人的心肌切斷，使鳴人在攻擊后亦體力不支倒地。兜以為鳴人死定了，綱手為鳴人流的眼淚，使她的精神亦被喚醒了、對血已不再害怕，并為鳴人賭上性命，利用創(chuàng)造再生自愈、又召喚出通靈獸蛞蝓。自來也趕緊召喚出蛞蟆文太。兜見狀立即協(xié)助大蛇丸召喚通靈獸──萬蛇。經(jīng)過一場混戰(zhàn)后，大蛇丸及萬蛇均被綱手、自來也聯(lián)手擊敗。兜立即救醒大蛇丸，并與大蛇丸一同撤退。
自三忍一戰(zhàn)結(jié)束后，兜正式退居幕后，在大蛇丸身邊服侍及為其醫(yī)療。因為大蛇丸雙手的痛楚日增，所以在宇智波佐助還未來到音隱村前，決定為大蛇丸挑選容器。他從牢中釋放了許多被囚禁的忍者，以放勝利者離開為理由，讓他們自相殘殺，最后只剩下一名忍者──幻幽丸?；糜耐璐饝?yīng)奉獻自己給大蛇丸作容器，以換取釋放其他被囚禁的伙伴，終亦成為大蛇丸的新容器。
除此之外，兜亦為音忍五人眾之一、擁有血繼限界──尸骨脈的君麻呂治療。君麻呂本是大蛇丸容器的選擇之一，但因身體本有疾病，在暗殺風(fēng)影后，已被大蛇丸拋棄。他就是一直在兜的治療下生存著，直到他愿意協(xié)助把佐助帶來音隱村、離開兜的治療為止。兜此后在第一部已較少出現(xiàn)。
正如赤砂之蝎臨死前對小櫻所說，他在大蛇丸身邊安置了一名臥底。兜就是他口中的那名臥底。大和、鳴人他們不知此事，于是便據(jù)蝎的資料，由大和變身成“蝎”，前往天地橋跟臥底會面。當他們知道兜原來亦是蝎派去的臥底，深感驚訝。兜跟化成“蝎”的大和展開談話，說要按照之前任務(wù)所命、把大蛇丸轉(zhuǎn)生后剩余的軀殼細胞樣本交給“蝎”，并認為不能在此久留。然而，大蛇丸卻突然在兜身邊出現(xiàn)；兜瞬身走到“蝎”的身邊，似乎是要與“蝎”一起對付大蛇丸。
結(jié)果沒料到兜突然向“蝎”發(fā)動襲擊。大和偽裝成“蝎”的身份被識破，兜跟大蛇丸聯(lián)手對付他，以及隱藏著的鳴人、佐井及櫻三人。兜向他們透露自己確實是“曉”派來的臥底，中了蝎之術(shù)并受操控；但后來得到大蛇丸的協(xié)助而解除忍術(shù)，故已叛變并成為大蛇丸的部下。
面對大蛇丸，鳴人無比的憤怒使他現(xiàn)出了其中三尾，兜見狀欲對鳴人施以偷襲，然而單憑鳴人強大的查克拉，已把兜打飛。不過兜的傷并不重，只消一刻時間便自我治愈了，亦了解到真正的蝎是不會再來，因為已經(jīng)被眼前的這些人干掉了。他在一旁目睹進化成四尾的鳴人，跟擁有不死身的大蛇丸對戰(zhàn)，并稱這是“怪物之間的戰(zhàn)斗”。經(jīng)過一番激戰(zhàn)，大蛇丸體力不支而退；而兜在救治被四尾鳴人所傷的小櫻后（聲稱是留下他們的性命，讓他們干掉更多“曉”的成員），便前往照顧大蛇丸。
三年期限已到，大蛇丸的容器面臨極限，兜加緊為大蛇丸配制各種藥物。卻不知佐助就在大蛇丸處于虛弱時，破了其不尸轉(zhuǎn)生之術(shù)，殺死大蛇丸并奪去其一切力量。當佐助從大蛇丸房間走出來的一刻，兜明白到經(jīng)過他面前的已經(jīng)不是大蛇丸，而是實力比大蛇丸更強的佐助。對從小當過不同國家的間諜、無家可歸的兜來說，感覺再次失去人生目標及身份。然而他想起了鳴人既然能借由超越自身的力量、找到自己的真正身份，自己同樣也可以做到。于是他便把大蛇丸的白鱗大蛇軀殼移植到自己的左半身，意圖得到大蛇丸的力量，甚至超越他。但他卻不擅于操控從大蛇丸移植過來的白鱗大蛇軀殼，因此卻反給大蛇丸慢慢侵蝕。此外他也私下跟正追蹤佐助的鳴人、雛田和大和會面，把詳細介紹“曉”成員的資料本送給鳴人，以作為鳴人令自己有所“領(lǐng)悟”、及重新尋找身份的“禮物”。鳴人他們欲逮捕兜回木葉，但兜卻以替身術(shù)避開，并且表示只要他能熟練運用大蛇丸的力量，便會和鳴人一戰(zhàn)。但他表示要先對付佐助，鳴人想問兜要對佐助做什么，但他卻消失在眾人面前。
之后的修煉中，兜完全掌控了與大蛇丸相同的力量，身軀已經(jīng)和蛇的形態(tài)融為一體，以至于外貌與大蛇丸極為相像。他在瀧隱村殺人取尸體后和帶土對峙時，自稱已經(jīng)超越第二代火影和大蛇丸，將宇智波鼬、蝎、迪達拉、角都和長門以穢土轉(zhuǎn)生形式復(fù)活，并且以提供帶土目前缺乏的戰(zhàn)力來換取佐助交涉條件，對帶土提議攜手合作。帶土本來因他以佐助為目標而想拒絕他。但兜在黑絕的幫助下找到了宇智波斑的尸體并穢土轉(zhuǎn)生，最后帶土被迫同意。交換條件是戰(zhàn)爭結(jié)果出爐前不能與佐助碰面，以及必須接受帶土的監(jiān)視。由于兜對轉(zhuǎn)生者的束縛力不夠，于是綁架前來偵查的御手洗紅豆，并吸收她身上咒印的大蛇丸查克拉以強化控制力。
其后，藥師兜使用龍地洞仙人模式與宇智波佐助以及使用別天神擺脫穢土轉(zhuǎn)生的宇智波鼬交戰(zhàn)，兜被伊邪那美擊敗后，被宇智波鼬用幻術(shù)控制解除穢土轉(zhuǎn)生，除了宇智波斑之外，所有被穢土轉(zhuǎn)生的靈魂都已解除穢土轉(zhuǎn)生，但是宇智波斑知道如何脫離穢土轉(zhuǎn)生的控制，在穢土轉(zhuǎn)生即將解除之際，終止了與轉(zhuǎn)生者之間的通靈契約，才得以繼續(xù)留在戰(zhàn)場，隨后以解邪法印重生的大蛇丸取回自己的查克拉后與鷹小隊同行。
兜最終重拾自我，終于脫離伊邪那美，以龍地洞仙人模式的狀態(tài)出現(xiàn)在戰(zhàn)場，在第二代火影的靈魂禁錮術(shù)的幫助下，兜使用醫(yī)療忍術(shù)搶救佐助，讓佐助能夠再戰(zhàn)宇智波斑。
斑開啟無限月讀以后，兜連同其他人一起中了此術(shù)并被神樹纏繞。
最終第七班結(jié)束了第四次忍界大戰(zhàn)，無限月讀被解除，包括兜在內(nèi)的所有人終于重獲自由。
由于兜已醒悟，并且曾在第四次忍界大戰(zhàn)中搶救佐助，間接帶來忍界大戰(zhàn)的勝利，所以不用再被列入叛忍名單中。
兜與兒時的伙伴烏魯西一同在木葉開設(shè)了孤兒院，并擔(dān)任院長，重興當年養(yǎng)母的舊業(yè)。
鳴人等人返回木葉后，將帶回的一眾克隆人“宇智波信”托付給了兜。