太平軍水師主力蔽江而來，駛入江寧江面立即將南京城圍得水泄不通。
城內(nèi)記述當時太平軍合圍江寧時的情景：“登三山門望之，自城外至江東門橫廣十余里，直望無際，皆紅頭人?！?p> 城內(nèi)高級指揮官見太平軍軍隊不斷趕到江寧城下，城池即將被太平軍從水、陸合圍、為求自保，立即飛章求援，請旨“迅敕山東撫臣將撫臣楊文定請調(diào)之充、沂、曹等處兵力二千名，并向榮、琦善、陳金綬等分兵速赴江南，以解重圍，而資合剿”。但是沒想到通訊兵見城外道路都被太平軍封鎖嚴密，自知出之必死，竟“隱而不去”。
城內(nèi)最高指揮陸建瀛“連日不見援兵至，茫無措手”病急亂投醫(yī)，急募九華山僧及四十八社鄉(xiāng)民入援，但是這種時候生死存亡的時候，無人前來。
在太平軍水師到來后，在儀鳳門駐守重兵，清軍增派旗兵加強儀鳳門的布防。并“安八千斤大炮于城右之獅子山，不時轟擊”。最高指揮陸建瀛見儀鳳門外太平軍人數(shù)眾多，恐此門被太平軍攻破，為求得心理安慰，陸建瀛便寄希望與鬼神“以布紙糊方相氏，置于炮后，欲破太平軍之“妖術”。
但此時的太平軍諸王在總結武昌強攻城防損失慘重的教訓后，又見江寧城高墻厚，已經(jīng)放棄強攻的想法，專心采用“挖地道”炸城墻的手法。并在挖地道的同時，命令太平軍水師兵分兩路向江北重鎮(zhèn)浦口、江浦發(fā)動了攻擊，主要目的就是控制長江南北交通線，切斷了江北清軍進援南京的通道，在順手捎帶著就是搶點東西。
太平軍原本是抱著清軍望風而逃，順利接管官府財物的心態(tài)來到浦口的。但沒想到遇到硬骨頭，徐州游擊馮尼見水軍將士登陸后浦口，不但沒逃跑，反而率部抵御。見到清軍竟然有人“膽敢拒搶”。諸王頓時惱羞成怒，怒向浦口迅速增兵?！皬途廴f余，四路輪流來攻”。浦口守將把總包定國戰(zhàn)死后，游擊馮尼又見太平軍援軍如螞蟻一樣越來越多，知城不能守棄城潰逃。太平軍憑借人多欺負人少占領江北重鎮(zhèn)浦口，另一支太平軍攻克江浦。
此戰(zhàn)太平軍狠狠地打擊了清軍“膽敢拒搶”的囂張氣焰。
后來，因琦善陳金綬援軍逼近，太平軍便將搶劫一空后的江浦還給清政府。
在太平軍水軍主力攻擊江北重鎮(zhèn)浦口、江浦發(fā)動攻擊的同時，太平軍土營也辛勤地“在天后宮后開挖地道”。
地面部隊為保護土營的順利施工。為應對清軍炮火“連日卻對城上設炮處筑起土墻，遮攔炮子，出入靜海寺者甚眾”
為了防御清軍出城破壞“從靜海寺左山門外，筑營墻過街，殆防城內(nèi)出剿者”
當然太平軍在挖地道，筑土墻自然是瞞不住清軍，畢竟兩家相鄰而居。清軍間諜向陸建瀛報告說:“親見凈海寺地道將掘城。”次日，清上元知縣劉同纓遣人出探，所報屬實。“兵來將擋，水來土掩”清軍在城內(nèi)便用“坎地埋缸，令瞽者坐缸中靜聽”確認城外穴地方向后出城破壞。但現(xiàn)實很殘酷，因為“儀風門依山造成”，與城外水平及豎直距離大，地聽效果不佳。在加上連續(xù)兩天的大雨。清軍將帥得知此消息后大呼“天亡我也”，只能無奈的接受，地聽法失效了這個殘酷的事實。（由于無法確定方位，清軍無力對對地道實施干擾和襲擊。）
有人歡喜有人愁，清軍鄰居太平軍卻在踏踏實實的順利施工。并同時在木植甚眾的上河，建立一座趕制攻城器械及渡具的基地。短時間內(nèi)制造“云梯數(shù)千具，巨筏數(shù)千，以濟其眾”。其中制作的木筏主要是用來連接濱江船只與江岸碼頭，鋪筑浮橋所用，以便為太平軍構成便捷的水陸交通線，使部隊可以迅速登陸，增援攻城陸師。云梯為穴地爆破后發(fā)動總攻時的重要攻城器械，遂由水路運至前線。
就是在此等危局之下，受藩司所托的張繼庚仍不放棄抵抗。在城中“募得水勇數(shù)十人，愿出城燒賊船，又募得文生一人，愿改裝出城，招鄉(xiāng)間七十二社救援”，但在太平軍崛起的大勢下，這些努力收效甚微。