(實在寫不下去了，對不起諸位啊。以下大綱。）
公孫樹和獵戶前往除虎，進入虎谷之后，見到了虎妖，在這里他們看到了樵夫一家的鬼魂，這個時候獵戶忽然變白了什么，他也變成了鬼——原來他們早就被虎妖吃了，只是自己還不知道，以為自己是活的，到了這里才明白過來。
因為是被虎妖所殺，他們變成了倀鬼為虎妖所制，一起進攻公孫樹。
公孫樹本來就不敵虎妖，這會兒它有倀鬼相助，公孫樹更是不敵，一時間情況岌岌可危。
就在玄九忍不住要出身救公孫樹的時候，公孫樹竟然領會了天之劍意的龍象變化，以龍之象運天之道，反制了虎妖。
但是面對阿鯉的鬼魂，他并不能下手，這個時候，他心里升起慈悲之心，領會《如來神掌》第一掌，我佛慈悲。
在度化了眾人的鬼魂之后，他除掉了虎妖，帶著他的內(nèi)丹回到了城中。
杵臼要他做的第二件事是去芮姬的娘家取土靈珠。
杵臼因為傷勢必須要用土靈珠療傷，而土靈珠就在芮姬的娘家，千乘己姓之中。
事實上，己姓即姬姓，只是芮姬跟杵臼私奔，家里人不認同，于是芮姬在外只稱姬姓。
到了千乘，公孫樹上門取了土靈珠，芮姬作為己姓這一代的族長，卻和外人私奔，自然是惹怒了自己的母親，所以她不愿回來。但是她的母親還是在乎她，聽說她需要土靈珠，二話沒說，就給了公孫樹。
千乘這個地方還有個說法，千乘是杵臼改的名，之前的名字是青丘，芮姬和她的族人事實上就是青丘狐。
但是這些公孫樹都不知道。
他把土靈珠帶回來交給了杵臼。
最后一件要公孫樹做的事是再教導公子荼十五天。
到了十五天準備回去的時候，陳乞告訴了他杵臼準備做的事——運用土靈珠，通過獻祭他從姜國帶回來的所有奴隸，不僅修復自己的身體，還要長生不老。
公孫樹因為自己剛剛覺醒的慈悲之心，雖然猶豫了許久，還是決定去阻止杵臼。
于是陳乞動用他在宮中安排的內(nèi)應，喜蔡，帶著公孫樹連夜入宮。
在入宮途中，喜蔡殺掉了竺乙。
因為公孫樹的猶豫，他到了的時候杵臼已經(jīng)把眾人都獻祭了。
公孫樹生出的禪心因此有隙。
杵臼和芮姬為了這一次的儀式準備了許多，見到公孫樹來阻止，芮姬變成狐身和他想斗。
芮姬的實力不是虎妖能比的，公孫樹打得很艱難。
他在戰(zhàn)斗中領會了《如來神掌》第二式，象征本性清凈的花開見我。
但是他仍舊打不過芮姬。
就在儀式快要成功的時候，玄九現(xiàn)身，破壞了陣勢，杵臼身死，芮姬殉情。
公孫樹為了保護公子荼，把他送到了千乘，他在和芮姬打斗中知道了他們的身份。
然后公孫樹回到國中，王后見到公孫樹就死了。
公孫樹在姜國頭兩年積蓄實力，準備變法。
這兩年中，他在姜國、楊國之中，發(fā)展地下勢力，收攏人做間諜。
同時，他在銀杏樹下悟道，領會了《洗髓經(jīng)》，每天不停地用慧劍斬滅神髓中的惡念，讓自己的心念變得清凈。（公孫樹姬銀杏樹，主角名字的由來，銀杏樹被稱為中國的菩提樹。）
而玄九早就在不知不覺中對公孫樹暗生情愫，見到公孫樹和龍葵之間的互動，離開。
為了提高聲望，讓自己有變法的大勢，他帶著自己的人，來到了楊國，準備毀掉赤鳳劍。
楊國也早就變了天，公子和回國之后，楊國國主便準備滅掉他，只是他棋高一著，反手滅了國主，自己當了國主。
不過因為國中還有對前國主忠心耿耿的人，因此這兩年他都在和這些勢力斗法，無力發(fā)動對外戰(zhàn)爭。
公孫樹帶來的人，聯(lián)合楊國反對公子和的人，在公子和女兒的幫助下，偷入了王宮，毀掉了赤鳳劍，并度赤鳳劍劍魂入輪回。
然后公子和的女兒殉情。
赤鳳劍的劍魂和公子和的女兒分別是玄霄和夙玉的前世。
公子和發(fā)現(xiàn)這件事，怒不可遏，和他招來的方士，翁夢與公孫樹相斗，不敵，公子和身死，翁夢逃走。
翁夢最后建立回夢仙境之后身死。
楊國大亂，公孫樹趁機回國，帶著大軍滅了楊國。
攜如此聲望，公孫樹回到姜國著手改革。
因為他要解放奴隸，同時收回封邑，推行郡縣制，因此他仍舊遭到了巨大的阻力。
而且因為他有感時局緊張，因此和龍陽商量準備鑄魔劍。
但是龍陽覺得楊國已滅，姜國除了魯國之外已經(jīng)沒有別的威脅，而魯國、姜國此時具皆是齊國盟友，且鑄魔劍有傷天和，不許。
于是公孫樹暗中鑄劍。
魯國叛齊歸吳，艾陵之戰(zhàn)發(fā)生，齊國戰(zhàn)敗，國書、高無丕戰(zhàn)死，陳逆逃往姜國，為公訴樹收留。
公孫樹向龍葵表露心跡，龍葵不知如何是好，向龍陽訴說，龍陽、公孫樹之間出現(xiàn)嫌隙。
公孫樹暗中鑄劍被發(fā)現(xiàn)，在國內(nèi)反對勢力的攻訐下，公孫樹被龍陽發(fā)配到原本楊國最南方，防御吳國。
公孫樹把《人劍合一》傳給陳逆。
吳魯聯(lián)合攻姜。
公孫樹在南方艱難打敗吳國軍隊，但是北方魯國已經(jīng)包圍了莒城。
公孫樹回身救援，就在他要抵達的時候，龍陽戰(zhàn)死，龍葵來到公孫樹之前的府邸，跳入了沒有被毀壞的鑄劍池，魔劍成。
公孫樹感應到龍葵、龍陽的死亡，禪心的裂痕加重，被慧劍從心念之中斬出的惡念爆發(fā)，讓公孫樹入魔。
他飛到莒城，拔出魔劍，在莒城屠滅魯國三萬軍隊。
玄九，也就是九天玄女感受到萬人死亡的怨念，降臨到凡間，發(fā)現(xiàn)公孫樹入魔，想要把他勸回來，公孫樹不應。
因為不想下死手，九天玄女出現(xiàn)疏忽，被公孫樹逃到了魔界。
陳逆因為公孫樹的離開，覺得留在人間無益，到昆侖山建立了瓊?cè)A派。
公孫樹帶著魔劍進入魔界之后，通過魔劍屠殺普通魔族恢復傷勢。
紅葵在他的殺戮中誕生。
他的野心爆發(fā)，準備統(tǒng)一魔界，攻入天界，把九天玄女搶到魔界。
在魔界的征伐中，他終于惹到了他惹不起的人，殺了兩個天魔族之后，葵羽天魔女降臨，二人想斗許久，終究葵羽天魔女更加強橫，把他一掌劈回人間，同時，他的魔念被從身體里劈出，落入了瓊?cè)A派之中。
魔念在瓊?cè)A派之中，蠱惑瓊?cè)A派第二十代掌門人道胤真人，使他產(chǎn)生了煉制羲和劍和望舒劍的念頭。
在三代之后，兩劍練成，公孫樹的魔念趁機附著在羲和劍上。
同時，他依靠在羲和劍斬殺妖類時吸收妖類的靈氣和精血準備恢復實力。
在第一次登天之戰(zhàn)中，因為望舒劍主的背叛離開，他雖然吸收了不少靈氣，但是仍舊不夠他重新塑造肉身。
在第二次登天之戰(zhàn)即仙劍四大劇情。
有一點不同的事，韓菱紗在來到青鸞山之前，她聽聞了如今聞名天下的黃葉大師的名號，因此先去找他祈求破除自家的詛咒，而黃葉大師則賜給了她一串佛珠，同時指引她來到了青鸞山。
黃葉大師便是公孫樹落入人間的善念。
公孫樹的肉身帶著他的善念落入人間之后，遇見了來華夏的達摩祖師，拜入他的門下。
因為知道自己的魔念也落入了人間，知道他一定會掀起腥風血雨，因此他在梁武帝的支持下，在蜀山上建立鎮(zhèn)妖塔。
在第二次登天之戰(zhàn)，魔念終于吸收了足夠的血肉之后，他終于感應到了魔念，于是立刻前往昆侖準備阻止。
天界也感受到了人界傳來的魔氣，于是九天玄女再次下凡。
這一次魔念因為吸收了足夠的靈氣和血肉，不僅重塑了肉身，實力比在魔界時更上一層樓，已經(jīng)超越了葵羽天魔女，也超越了九天玄女。
這時，公孫樹到來，通過舍身，毀滅了魔念的肉身，也超度了因為瓊?cè)A升天造成的災難中逝世的人。
他將瓊?cè)A造成的冤孽一力承擔，讓瓊?cè)A重歸人間，同時為韓菱紗破除了詛咒，最后變輪回去了。
最后便是仙劍三的時間。
公孫樹的惡念，在鎮(zhèn)妖塔之中，吞噬了五長老的惡念，破開鎮(zhèn)妖塔，掀起腥風血雨。
總之，最后的劇情便是，公孫樹終于從“身似菩提樹，心如明鏡臺，時時勤拂拭，莫使惹塵埃。”這個境界之中，跳入了“菩提本無樹，明鏡亦非臺，本來無一物，何處惹塵埃?！钡木辰?，接受了自己的惡念，不在排斥，消解了災難，達到了了空而不空的境界。
他用自己的舍利子重修了鎮(zhèn)妖塔，最后以涅槃寂靜之法，涅槃歸來。
他一掌把來約戰(zhàn)的重樓拍回魔界，同時改變了世界的命運線，讓女媧一族的悲慘命運不復存在。
最后，他和紅葵還有玄女愉快地生活在一起了。