拿破侖獲得了軍事上的勝利，但是，他并不滿足，他要統(tǒng)治埃及，他要開始下令改革整個埃及。
他每到一處，都進行整個的政治改革，這種行政改革的經(jīng)驗也成為了后來他能夠統(tǒng)治法國的一個原因。
開羅的16個行政區(qū)開始成立國務(wù)會議，并且以當(dāng)?shù)氐馁F族擔(dān)任議員，而且每個區(qū)的會議要推選一名代表出席大國會議，由親法的西和沙爾卡維先生擔(dān)任會議主席。拿破侖授予國會一些司法權(quán)與行政權(quán)。他希望最終能讓埃及權(quán)貴適應(yīng)議會與整合理念。在大國會議開會的時候，氛圍非常輕松，一名慕斯林歷史學(xué)家還記載到：拿破侖興高采烈，同聚集的人們?nèi)谇⑾嗵?，和他們談笑風(fēng)生。
拿破侖還靠下令完成了下列任務(wù)：他開始添置一套完整的郵政體系，開始引入路燈，引入道路清潔，他在開羅和亞歷山大之間安排了公共馬車，他還設(shè)立了鑄幣廠，還規(guī)定了合理的稅收制度，比起那種傳統(tǒng)中世紀的敲詐勒索似的稅收，有完善而健全的稅收制度，會讓農(nóng)民很高興。他還廢除了當(dāng)時的封建體系，讓國務(wù)會議成為新的權(quán)力機關(guān)，并成立了一家完整的法國商業(yè)公司。他修建了近代的醫(yī)院，他還在開羅印刷書籍。要知道，這些東西在埃及歷史上都是第一次??！拿破侖印刷的這些數(shù)還是三種語言的。
拿破侖非常驕傲地完成了一系列對埃及近代化的改革。在公元前332年，亞歷山大大帝入侵埃及，參拜了埃及的神廟并進行了禱告。拿破侖認為這個舉措是非常卓越的政治手段，這非常有助于統(tǒng)治埃及。從公元七世紀以來，埃及一直***教國家，所以拿破侖要做的就是結(jié)好當(dāng)?shù)氐慕虝耗剿沽?，尤其?**教的慕斯林。
但是，拿破侖過于自信了，以至于他渾然不知自己做的根本不足以博得信任。他還不如他當(dāng)時稱之為傻瓜的梅努將軍。梅努將軍為了徹底融入埃及，他開始迎娶埃及女子，改信***教，還取了一個中間名字：阿卜杜拉，幾乎成了一個埃及本土居民。
20年后，有人問過拿破侖，他是否也曾經(jīng)真心歸順過***教？拿破侖笑道說：“軍人的信仰是戰(zhàn)斗而不是宗教，我對此矢志不渝。其他宗教什么的都是女人和教士勾搭。用我自己的話來說，我到了哪個國家，我就信仰哪個國家的宗教?！?p> 拿破侖對于宗教展現(xiàn)出了非常大的寬容以及尊重，他認為《古蘭經(jīng)》不僅是宗教作品，也是民事和政治方面的杰作，而《圣經(jīng)》只宣講道德這種空話。他欣賞慕斯林，欣賞***教在當(dāng)時當(dāng)?shù)氐慕y(tǒng)治方式。他本人不去侵犯他們的生活習(xí)慣，比如說一夫多妻制，他并不覺得這個事是值得他去侵犯的。他自己也說：“如果條件許可，男人們都更想娶各種風(fēng)采女人?！?p> 即使拿破侖不信仰任何宗教，但是他還是擺出一副改信***教的樣子，還試圖用法蘭西科學(xué)家的科學(xué)去折服當(dāng)?shù)氐淖诮倘耸?。然而，不管他怎么做，實際上效果都不太好。不管他如何尊重***教的意識、稱呼、語言還是習(xí)慣，隨后的慕斯林教會仍然宣布對埃及的法軍發(fā)動圣戰(zhàn)，這意味著他們以后的日子將不太好過。
拿破侖其實是不得已，或者說他也愿意去尊重***教，甚至說假意改姓，他享受這種裝模作樣的感覺，而那些***教的宗教首領(lǐng)們也喜歡。但是這種相互之間的尊重，也保證了拿破侖在一定程度上的成功，他不想遭受太多的當(dāng)?shù)厝嗣竦姆纯埂?p> 就像之前的意大利戰(zhàn)爭中，拿破侖開動了他的宣傳機器，大肆地為他去宣傳，當(dāng)然不免有點謊話連篇的感覺。其中有一個政論家的雜志報道說，當(dāng)?shù)厝烁璩澝涝姺Q頌這位新亞歷山大大帝。而埃及人發(fā)行的埃及郵報說，他就像穆罕默德的繼承人一樣平易近人。
有一天，他例行地去埃及各地到處轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)，突然突發(fā)奇想，去攀登了大金字塔，觀賞了斯芬克斯像。當(dāng)然，這里一定要糾正一點：拿破侖并沒有用炮兵轟掉斯芬克斯像的鼻子，那鼻子絕對只是由于風(fēng)化而塌下來的，拿破侖不背這個鍋。再說了，法國炮兵也從來沒有奉命炮轟斯芬克斯像，想打也打不中啊，火炮也沒什么準頭的。
拿破侖還在那里與穆罕默德等三位伊瑪目交談。埃及當(dāng)?shù)氐膱蠹堃灿羞@些公告，就記錄了他們講話。拿破侖談話的核心就是表示對于***教的尊重，他們之間討論關(guān)于金字塔發(fā)掘的事情（說白了就是盜墓）。拿破侖對這事兒表示非常憤怒，他說：“這是惡魔竹籃打水一場空，他們不但什么都得不到，靈魂也會墮入地獄。”第一位伊瑪目：穆罕默德稱贊道：“嗯，這是智慧之談?！蹦闷苼鲞€說：“我要向真主致敬，至今只有一位真神，而穆罕默德是他使者，而我一定是他在歐洲的友人?！边@時候，另外一位伊瑪目：蘇萊曼也說：“向你致敬，你是無敵的將軍，穆罕默德的寵兒?！蹦闷苼鲇址Q贊了古蘭經(jīng)，稱贊了阿拉伯先知，稱贊了穆罕默德，但是他提到：“首先我一定要消滅馬穆魯克，和埃及人一起結(jié)束他們的野蠻、壓迫式的統(tǒng)治?！钡谌灰连斈浚阂撞防勒f：“希望勝利的天使為您的道路掃清塵埃，張開翅膀庇護你，真主會讓毀滅天使跟您解放埃及的土地?！弊盍钊灰连斈空痼@的是，這位將軍竟然能大片地引用《古蘭經(jīng)》的誓言或者《古蘭經(jīng)》的片段。其實拿破侖在乘船抵達埃及之前，就已經(jīng)認真閱讀過阿拉伯相關(guān)的一些記載，以及《古蘭經(jīng)》和各種著作。他對于阿拉伯世界有一定了解，他可以非常熟練地運用當(dāng)時埃及人的至圣：穆罕默德的名言。拿破侖的表現(xiàn)引起了那些伊瑪目們的支持。三人中的蘇萊曼不斷地稱道說：“拿破侖寬大仁厚。”
當(dāng)時有三位埃及學(xué)者前來代表全埃及學(xué)者拜見拿破侖。這三位學(xué)者都是歷史學(xué)家，分別叫做阿布德拉·赫曼·賈巴爾·提（我們簡稱為賈巴爾），第二位叫哈豐阿爾，第三位叫尼古拉·圖爾克。
但是他們對于法國態(tài)度完全不一樣。賈巴爾認為，侵略軍是真主對馬穆魯克和土耳其人統(tǒng)治埃及所降的懲罰。他把法軍看做新十字軍，他毫不諱言地表達了自己對于法國先進科學(xué)技術(shù)的崇拜。他欽佩法軍的武器、戰(zhàn)術(shù)，以及醫(yī)療、科研等，而法國學(xué)者對埃及的歷史、地理、文化也很感興趣。賈巴爾自己也非常喜歡和法國學(xué)者來往，他佩服拿破侖這個人，他不講排場。
但是哈豐阿爾認為拿破侖不講信用，是一個野蠻的無神論者。拿破侖對于宗教的信仰，并沒有真正使得埃及的高層人士容忍他的所作所為，或者說把他真正當(dāng)做自己人。而且哈豐阿爾后來非常高興，因為他們偉大的蘇丹準備宣布要對異教徒（拿破侖）發(fā)動圣戰(zhàn)。其實這個時候，法國人和埃及人還是有矛盾的，他們最大沖突不是在于他們的理想和宗教。誠然，法國大革命的教條和《古蘭經(jīng)》有非常多的矛盾，但實際上法國底層和埃及底層人們還是可以和睦相處的，但是近代化的法國文化和中世紀的第三文化之間有著嚴重沖突。但是賈巴爾還是說服了哈豐阿爾親近法國人，哈豐阿爾之后還非常稱贊法國人，說法國人修理工程時善待當(dāng)?shù)毓そ?。他還仔細地模仿了他們的化學(xué)和工程實驗，對此大為驚嘆。他還對于法國士兵在露天市場砍價失敗的事覺得挺好玩兒的，他認為這些事兒就是為了贏得民心。但是有一件事兒讓他非常討厭，他說：“法國要企圖違背***教律法，允許那些最低賤的科普特人、敘利亞人、東正教徒和猶太人騎馬佩劍，這點讓我很受不了?！边@也不能怪拿破侖，因為畢竟當(dāng)時的埃及是個等級森嚴的社會。不過哈豐阿爾還是站在了賈巴爾這邊，支持拿破侖。
但是賈巴爾和哈豐阿爾的朋友哈桑阿塔正好相反。他很擔(dān)心被埃及人作為通敵者，他拒絕了法國學(xué)者們的邀請，他不去參觀法國的圖書館和實驗室。但是，他還是對拿破侖抱以稱贊的，他說：“拿破侖是個聰明幸運的人，他瘦小蒼白，右臂比左臂長（他是怎么知道的？他量過嗎？），他樸實無華，平易近人，要不是信仰不同，我很愿意成為他的密友?！?p> 拿破侖取得了大部分埃及上層人士的支持，但是埃及老百姓對他的態(tài)度不一而足。有稱贊的，有指責(zé)的，有喜歡的，也有反對的。但是不得不承認，這時候拿破侖控制著埃及。
可是，拿破侖的好日子很快結(jié)束。因為，他的海軍出事兒了……