拒絕孔有德的勸降，從登州出來后，孫元化徑直投官而去。封疆失疆，罪不容恕，孫為官已久豈能不知？死則死也，也要用僅剩的氣節(jié)給生命劃上最后的莊重一筆。
入獄后，由于有內(nèi)閣首輔周延儒、大學士徐光啟的暗中關(guān)照，家人也極力疏通，加之他為官清正，獄卒牢頭也未曾為難于他。但他總是夜不能寐，曾經(jīng)以為肱股手足的部下屠戮登州的慘狀一遍遍心頭再現(xiàn)。黑夜中總仿佛伸出千萬只手齊指自己，口口聲聲大喊還我命來！
所幸今夜月光皎潔，孫元化稍得心安。他舉起無數(shù)次捶墻自傷的雙手，默默地端詳了一會，又放下來嘆了一口氣。他依靠在墻壁上閉上眼，恍恍惚惚進入了睡夢，似乎回到了往昔時日。
他仿佛看到自己在嘉定府田間河網(wǎng)嬉戲玩鬧，一會追逐天上的蜻蜓，一會又去草叢里捕捉蚱蜢，這些蟲豸用火烤過就是一份佳肴......；他又看到自己在書桌上寫出一手漂亮的館閣體，先生在身后不住點頭......;他又看到了自己在發(fā)榜時內(nèi)心忐忑不安又充滿期待的眼神，以及中舉后欣喜若狂的模樣；看到了自己一邊置身兵部職方司埋頭公務，一邊又與恩師徐光啟交流西學，他之前未曾想到除了圣賢書外世上還有如此學問，能將宇宙萬物剖析得那么透徹，原來地球和火星一樣是圍繞太陽的惑星，靠太陽的引力維持圓形軌道運轉(zhuǎn)......;他又看到自己身披沉重鐵甲，親手操炮轟擊犯邊的奴酋，還有那鑄炮操炮的無數(shù)個日日夜夜......
實話講，他其實不想做官，也不想帶兵，那些都是世間交給他的不得不完成的任務，一副想卸卸不了的擔子，想完完不成的苦差?！爸戮龍蛩瓷?，再使風俗醇”，這是每個讀圣賢書的人自然而然的理想，他也未曾懷疑過。但他真正心儀的，只是那些沉浸于學術(shù)的時光，那些埋頭苦干探尋真理的日子，那些困惑已久一朝得解的暢快瞬間，那些同師友置酒清談碰撞出思想火花的下午，那些拋開世間紛饒獨自潛心鉆研的靜夜......只可惜這些即將要終止了！
孔有德、李九成、耿仲明，朝廷未曾負爾等，我未曾負爾等，甚至在你們的反叛行為昭然若揭，人人皆曰可殺時我還傳令不得阻攔，心懷僥幸終成大錯！孔有德全家都被后金所殺，孔等所部基本人人皆與后金有血海深仇，我原以為遼人可用，他們居然寧肯反叛朝廷也不肯上陣廝殺，登萊之民以膏粱供養(yǎng)叛軍卻反而遭到叛軍的血腥屠戮?？磥砣诵闹畈豢韶蠝y，我是看錯了人又用錯了人啊，恨只恨自己仍舊是懦弱書生，不敢把手中尚方寶劍及時出手！
忽然，牢門的響聲把他驚醒，原來天色已亮，自己的兒子孫和斗前來探監(jiān)了。
看到昔日引以為豪的父親面臨極刑，養(yǎng)尊處優(yōu)的少年一夜間長大了。他進到牢房叫一聲爹，又用毛巾為孫元化擦拭臉手，又在木桌上擺開酒食，又在一邊啜泣起來。
孫元化淡然面向兒子說到：“事已至此，哭又有何用？為父時日無多，留下三條家訓贈你吧?！?p> 其子表示恭聽，孫元化于是說到：“其一，今日之事罪在我身，不可對朝廷處置心懷怨望；其二，我毫不懷疑我孫家后人皆敬天明理、安守本分，但不可只有菩薩心腸而無霹靂手段，反為歹人所趁；其三，不能識人者不得為官，以免害人害己?！?p> 其子一一書寫下來，少頃，元化又說：“我將赴西市問斬，此處已有袁督師、熊經(jīng)略作陪，還有于謙于少保在前，我此行并不孤單，亦不受辱。你且記下了?！?p> 言畢，元化仰望蒼天嘆道：“聽利瑪竇神父說泰西佛羅倫薩有人只從事研究和教學生，待遇也不錯，像本朝官員一樣受尊重......我是趕不上這種時代了，希望孩子你能趕上...”
少年茫然不知元化所云，只是便啜泣邊記錄。
孫元化沉吟半響，忽然說到：“孩子，我想明白了，現(xiàn)在已然不是太平年月，仕途已然走不通了！如今是亂世，是比拳頭大小的時代。等這邊的事一了，你就投軍去吧。吳開先將軍的護國軍是大明最有朝氣的隊伍，你就去投他，從普通小兵踏踏實實地做起，說不定就此能改變父祖懦弱的根。”
少年點頭答應下來，孫露出欣慰的笑。不久探視時辰已盡，門外獄卒敦促，少年向?qū)O元化恭恭敬敬磕了三個頭，揮淚作別。
數(shù)日后，緹騎進入昭獄，提出孫元化、張燾押赴西市。午時三刻，原右僉都御史登萊巡撫孫元化和總兵官張燾，因封疆失疆和喪師失地被斬于市。同日，原山東巡撫余大成，充軍發(fā)配三千里；原登萊道宋光蘭、遼海監(jiān)軍王徵，充軍發(fā)配三千里；原兵部尚書熊明譽，革職聽勘；原兵部侍郎總督山東軍務劉宇烈，逮入昭獄。
此時，他的老恩師徐光啟正拿著他最后的字跡在默默流淚，上寫道：
幼年求學壯從軍，悲時艱，天地可有路？
命薄長辭知己少，回眼望人生，所處皆苦。
欲將只手擎天柱，未曾料，禍起蕭墻處。
書生報國如臨淵，一朝不慎，便以命來補。
人生勇?lián)?，何顧榮辱！
誰不是？生命如葦，功名如土。