1628年，即崇禎元年，大明可以說是多災(zāi)多難。
1628年三月，閩南再次大旱，鄭芝龍和美利堅(jiān)的大明網(wǎng)絡(luò)再次招納泉州，漳州饑民數(shù)萬人赴臺灣。
1628年七月二十三號，嘉興、紹興等地遇到大風(fēng)海潮，人畜廬舍漂溺無數(shù)，嘉興颶風(fēng)淫雨，濱海及城郊居民被溺死者不可勝計(jì)。紹興大風(fēng)，海水直入郡城，街市可行舟。山陰、會稽、簫山、上虞、余姚被溺死者，各以萬計(jì)。大明海商偷運(yùn)數(shù)萬災(zāi)民出大明本土送入臺灣。
而各地農(nóng)民因生活所迫，紛紛起義造反。自去年三月份的陜西澄城縣民變，殺死知縣張斗耀后。四月十一日，南贛（今江西省南部）起義軍奪天王，建號永興元年，率眾攻破安遠(yuǎn)縣城，劫庫放囚。安遠(yuǎn)知縣沈克封逃走。
崇禎元年十一月十七日，白水縣民王二首舉義旗，聚眾攻蒲城之孝童，韓城之淄川鎮(zhèn)。接著，府谷王嘉胤、宜川王佐掛并起，攻城堡，殺官吏。安塞高迎祥、漢南王大梁，復(fù)聚眾響應(yīng)，高迎祥自稱闖王，王大梁自稱大梁王。由此揭開了明末農(nóng)民大起義的序幕。
七月二十日，薊門駐軍由于饑餓發(fā)生兵變，搶奪兵器火藥。后經(jīng)多方籌款補(bǔ)發(fā)軍餉，方才解散。
同樣在七月，遼寧寧遠(yuǎn)軍中四川和湖廣兵因缺餉四個月，發(fā)生兵變，其余十三個營一起響應(yīng)，綁縛巡撫畢自肅、總兵官朱梅、通判張世榮、推官蘇涵淳于譙樓上。八月初，袁崇煥與兵備副使郭廣密謀，誘捕其首惡張正朝、張思順，斬首十五人，平定了兵變。
八月二十二日，后金兵犯黃泥洼。袁崇煥令總兵官祖大壽領(lǐng)兵抗擊，斬?cái)骋话侔耸?，獲馬騾百二十。
十二月二十四日固原（今寧夏固原）發(fā)民兵變，當(dāng)時(shí)守邊軍兵缺餉，士兵乘農(nóng)民起義爆發(fā)之機(jī)，一齊造反，劫奪固原州庫。巡撫胡廷宴與延綏巡撫岳和聲互相推諉，嘩變士兵多加入農(nóng)民起義隊(duì)伍。
年末有御史上奏稱，西北發(fā)生自然災(zāi)害，到處都是干旱和饑荒，其中陜西最為嚴(yán)重，全省已淪為災(zāi)區(qū)。
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鄭芝龍終于如愿以償。九月新任福建巡撫熊文燦出面招降鄭芝龍，官拜其為五虎游擊將軍，鎮(zhèn)守福建海防。于是鄭芝龍以高價(jià)把臺南出售給美利堅(jiān)人，保留在臺南?？亢唾Q(mào)易的權(quán)力，率領(lǐng)部下三萬，大船千余赴福建上任。
所以，目前臺灣除了荷蘭在大員的據(jù)點(diǎn)外，全是美國人的移民點(diǎn)了。而荷蘭并不像原時(shí)空那樣以一個據(jù)點(diǎn)影響數(shù)萬在臺南的大明移民，只能影響據(jù)點(diǎn)周圍幾里之地。另外在年初發(fā)生的濱田彌兵衛(wèi)事件更加使荷蘭在臺灣的據(jù)點(diǎn)生存環(huán)境變得更壞。
從1625年起，荷蘭人就開始向居住大員附近的日本商人收稅，但是當(dāng)?shù)氐娜毡救瞬⒉桓忻?，因?yàn)槿毡救藖砼_灣的時(shí)間比荷蘭人要早很多。于是雙方之間開始產(chǎn)生矛盾。到了1625年年底，荷蘭人直接以沒交稅的理由扣押沒收了日本人的一批生絲。使當(dāng)?shù)厝毡救藢商m人更加憤恨。
濱田彌兵衛(wèi)是在次年來臺灣的。他原本是向荷蘭人借船，準(zhǔn)備把已經(jīng)在福建買好的生絲運(yùn)回日本。卻被荷蘭人一口拒絕了。期間濱田彌兵衛(wèi)知悉新港社原住民不堪荷蘭當(dāng)局的虐待。在1627年引誘該社十六名原住民回到日本，并向江戶幕府反應(yīng)。
1628年春天，濱田彌兵衛(wèi)再度率船來臺，同行一共四百七十人，其中包含先前十六名原住民。此時(shí)的荷蘭臺灣長官是彼得·奴易茲，他在濱田抵臺前就獲密報(bào)，說是有日本船載有士兵及大炮、刀槍等武器來大員，因此在日船抵臺之際派員登船檢查，果然搜出大量武器及火藥。因此荷蘭當(dāng)局便將武器及火藥全數(shù)扣留，并軟禁濱田將近一周，十六名原住民遭到下獄。之后濱田提出發(fā)還武器及火藥、釋放十六名原住民、提供船只赴福建取貨、準(zhǔn)其回日本等要求，但均為荷蘭當(dāng)局拒絕。濱田因此采取了暴力行動，親自率領(lǐng)數(shù)十名日本人闖入彼得·奴易茲住處，挾持了彼得·奴易茲及其兒子。
也就是在這個階段，趙天翔出面進(jìn)行雙方調(diào)解，最后日方釋放了彼得和他兒子。而濱田彌兵衛(wèi)則返回日本將此事告上了幕府。幕府隨即關(guān)閉了荷蘭的商館。至于在上個時(shí)空，則是濱田彌兵衛(wèi)押著彼得的兒子回國，監(jiān)禁到死。
所以大員的荷蘭人現(xiàn)在日子很不好過。日本的商館被關(guān)閉使他們失去了一個重要的資金來源。而他們的權(quán)力范圍更是大不如前，本地的日本人轉(zhuǎn)身投靠了美利堅(jiān)的總督府。
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1628年10月2號，紐約。
文繼明和內(nèi)閣成員們因臺灣的問題正在舉行討論會。說實(shí)話元老們誰也沒有料到鄭芝龍會把臺南的基地和人口打包賣給他們，雖然要價(jià)很高，但是對美利堅(jiān)人來說只要能用錢解決，一切都可以談。
這個舉動使元老們突然發(fā)現(xiàn)，現(xiàn)在在大員的荷蘭人據(jù)點(diǎn)實(shí)在是太礙眼了。元老們覺得不能再等了，所以今天的會就是討論如何攤牌和攤牌后的后果。
布魯斯提出如果雙方翻臉可能遇到的戰(zhàn)爭風(fēng)險(xiǎn)。
“上月8號，荷蘭人的艦隊(duì)在海軍將領(lǐng)皮特·彼得松的帶領(lǐng)下在位于古巴哈瓦那附近的馬坦薩斯灣以31艘船只擊敗了西班牙的21艘船的珍寶艦隊(duì)，俘虜了其中的16艘船，獲得了價(jià)值幾千萬荷蘭盾的珠寶?！?p> “荷蘭人現(xiàn)在估計(jì)擁有海軍軍艦三百條以上，其中肯定有不少四級戰(zhàn)列艦，甚至三級戰(zhàn)列艦。因?yàn)槲覀儧]有具體情報(bào)，所以無法正確估計(jì)其真實(shí)實(shí)力。如果翻臉的話最好盡快，不然這幾千萬荷蘭盾會使荷蘭人經(jīng)濟(jì)大發(fā)展，會很快擁有更強(qiáng)大的艦隊(duì)?！?p> “以目前我國本土主力艦隊(duì)的實(shí)力，獲勝的幾率還是有的。但是如果荷蘭人派出六十艘以上的戰(zhàn)艦就很難說了?！?p> 文繼明建議“我們可以這樣，宣稱對整個臺灣島的主權(quán)，但是允許荷蘭人以商館的形式繼續(xù)在臺灣島做生意，可以適當(dāng)?shù)膶λ麄兊膿p失給與補(bǔ)償。這樣的話估計(jì)不會有直接開戰(zhàn)的結(jié)果。當(dāng)然了在提交外交書的時(shí)候可以考慮下武力示威。把整個本土主力艦隊(duì)派去對荷蘭本土進(jìn)行訪問?！?p> 1628年10月6號，整個美利堅(jiān)本土主力艦隊(duì)以皇后號現(xiàn)代帆船為旗艦，帶領(lǐng)五艘四級機(jī)帆戰(zhàn)列艦，七艘三級機(jī)帆戰(zhàn)列艦，一艘兩千噸級機(jī)帆武裝補(bǔ)給船，六艘武裝機(jī)帆商船。整整二十艘千噸級以上的艦船帶著外交照會文件離開紐約港，前往荷蘭阿姆斯特丹。