長(zhǎng)毛賊（太平軍）自桂林四月二十二日撤圍后，毫不費(fèi)力地占領(lǐng)了興安，然后分水陸兩路兵馬大張旗鼓殺奔全州，約在四月二十五日抵達(dá)全州。此時(shí)，守城的全州知州曹燮培、參將楊映河帶領(lǐng)著2000人鎮(zhèn)守城池，湖南寶慶的協(xié)都司武昌顯也率有兵丁3000人奉咸豐帝旨入桂，兩者共計(jì)約5000人，兵力十足。為固守城防，曹燮培招募有民團(tuán)，并強(qiáng)征婦女上城熬粥，釋放出城里的囚犯來(lái)與太平軍對(duì)戰(zhàn)，總兵力有6000余人。
實(shí)際上，當(dāng)時(shí)太平軍并沒(méi)有要攻打全州的打算，打算和平過(guò)境，迅速擺脫追兵，陸路軍只繞城而過(guò)，水軍前鋒已經(jīng)到達(dá)了全州鎮(zhèn)的蓑衣渡。全州守軍也不敢出城挑釁。太平軍前隊(duì)已過(guò)多時(shí)，可是偏偏有一個(gè)守城的清軍不識(shí)時(shí)務(wù)，自恃有從桂林跟隨而來(lái)的援軍，因而挑起戰(zhàn)端。
其時(shí)，天王洪秀全中軍部屬抬著天王中軍大旗路過(guò)全州城外，全州一炮兵看見(jiàn)后隊(duì)有一顯眼大旗，知道是太平天國(guó)的中軍路過(guò)，忍不住向黃旗放了一炮。這個(gè)炮兵確實(shí)是一個(gè)神炮手，僅一炮即命中了黃旗，中軍大旗應(yīng)聲而倒，這炮打得太過(guò)犀利了，這還了得，天王洪秀全也被這一炮極大地激怒了，致使太平軍全軍都悲憤不已，洪秀全、楊秀清決定命令回師攻城，已過(guò)境的前隊(duì)紛紛開(kāi)回，定要血洗全州，于是楊秀清下令所有太平軍人馬回師攻打全州城。
太平軍在全州城先是從東、西、南三面對(duì)城池進(jìn)行圍攻，全州城的守軍雖不多，但城墻堅(jiān)固，西面城墻高有一丈五六，東面城墻也高達(dá)丈二三，城墻上每隔二、三十步遠(yuǎn)就有一個(gè)可住十人的小房，城門(mén)是用石頭筑成的，加上守軍準(zhǔn)備充足，又釋放有囚犯出來(lái)作戰(zhàn)，在城上又有強(qiáng)征的婦女幫煮粥熬桐油，桐油中和上松脂或大糞，以至太平軍多次使用呂公車(chē)、云梯攻城都被清軍擊退，守城的清軍將滾燙的桐油稀粥往下潑，或浸泡竹筒將滾熱的桐油射到攻城的太平軍身上，受傷的太平軍皮肉腐爛不堪，卻無(wú)藥可醫(yī)，因此死傷非常之多，太平軍圍攻了10日（五月五日），仍沒(méi)有將全州城攻破，太平軍為此發(fā)誓，破城之后要蕩平全州城，不留任何一個(gè)戰(zhàn)俘。
其時(shí)，從桂林一直尾隨太平軍的清軍提督余萬(wàn)清、劉長(zhǎng)清則率領(lǐng)著萬(wàn)余清兵，因懼怕太平軍聲勢(shì)，駐扎在全州城西門(mén)外，為保住自身性命，一直在城西的魯板橋和城北的太平鋪兩地觀戰(zhàn)，始終不敢和太平軍接仗。曹燮培見(jiàn)孤城危在旦夕，先后三次用血書(shū)向余萬(wàn)清和劉長(zhǎng)清救援，但余萬(wàn)清和劉長(zhǎng)清一直都置之不理。因城里的清軍的守城人數(shù)有限，隨著太平軍不斷的加緊攻勢(shì)，已感到無(wú)力支撐了。這時(shí)，駐扎在全州江西會(huì)館的太平軍，利用門(mén)前的戲臺(tái)窗眼，架設(shè)炮位將炮彈打進(jìn)全州城里，守城清軍見(jiàn)有炮彈飛來(lái)，一直不敢抬頭，太平軍開(kāi)始趁清軍顧不上這里看守的時(shí)候，開(kāi)始組織人馬挖掘地道。
1852年5月8日地道得以掘成，太平軍即用棺材裝滿(mǎn)16擔(dān)火藥埋入城墻底下，隨著“轟隆”一聲巨響，城墻被炸開(kāi)二丈有余，太平軍乘著硝煙彌漫之際，發(fā)起了沖鋒，一舉攻入了全州城內(nèi)，入城后馬上開(kāi)始四處搜索敵人，大開(kāi)殺戒，當(dāng)場(chǎng)就擊斃了千總?cè)~永林，把總張之福、前州牧瑞麟。知州曹燮培在城還沒(méi)有破時(shí)就蜷縮在城東義倉(cāng)底之下，被太平軍搜出后當(dāng)場(chǎng)殺死，太平軍入到全州城后這一通斬殺，到第二天中午才收手，破城之后，6000多名守軍無(wú)一生還。
攻克全州城后，太平軍在城內(nèi)休整了三天，然后分水陸兩路大軍繼續(xù)向湖南永州進(jìn)發(fā)。
太平軍攻破全州莊之后（五月11日），向湖南進(jìn)軍是走水路，準(zhǔn)備沿著湘江浩浩蕩蕩地開(kāi)向長(zhǎng)沙。當(dāng)時(shí)，在水塘灣的兩岸都駐有大量的清兵，清兵奉咸豐帝旨意埋伏在蓑衣渡，當(dāng)時(shí)太平軍的東西很多都是用船來(lái)運(yùn)輸，大約有大小船只百多只，在河里十分壯觀，這船上都裝得滿(mǎn)滿(mǎn)的軍用物資。蓑衣渡位于全州縣城約五公里的地方，此地形勢(shì)險(xiǎn)要，據(jù)文獻(xiàn)記載，蓑衣渡大道，系楚、粵往來(lái)道衢，山徑崎嶇，行路多難，前經(jīng)修砌，業(yè)已過(guò)半，今復(fù)繼續(xù)。告劂成功，兩旁絕荊棘，挑工，拾俠頻往來(lái)。蓑衣渡大路，上通州城，下達(dá)湖南，雖非關(guān)津，實(shí)為通衢，可見(jiàn)蓑衣渡在當(dāng)時(shí)是交通要渡。
長(zhǎng)毛賊先頭部隊(duì)早已經(jīng)出發(fā)，天平天國(guó)南王馮云山作為戰(zhàn)爭(zhēng)的總指揮，一般是在中間作為重點(diǎn)保護(hù)對(duì)象，同時(shí)，后方押著糧草及一些兵器軍用物資。然而，壞就壞在南王的行軍過(guò)程太張揚(yáng)，當(dāng)時(shí)，有名清軍看見(jiàn)有一乘非常氣派的大人物，旁邊很多人簇?fù)碇斑M(jìn)，剛好站在山坡上一名清軍參將部下炮兵看見(jiàn)，他們看這架勢(shì)，肯定是太平天國(guó)的一把手，俗話說(shuō)，挽弓當(dāng)挽強(qiáng)，用箭當(dāng)用長(zhǎng)，射人先射馬，擒賊先擒王。這士兵也不請(qǐng)示領(lǐng)導(dǎo)，不等待命令，就一時(shí)沖動(dòng)，遂取出火燃的那種土炮，對(duì)準(zhǔn)那隊(duì)大人物人馬，轟然一聲，果然被炮擊中，這群被保護(hù)大人物，正是是太平天國(guó)副軍師后軍主將開(kāi)國(guó)第一功臣南王馮云山，他受了重傷。
當(dāng)時(shí)，太平軍見(jiàn)清軍的一支不大的炮打傷了主要領(lǐng)導(dǎo)，就馬上進(jìn)行了報(bào)復(fù)性打擊，剛好太平軍有一門(mén)專(zhuān)用保護(hù)領(lǐng)導(dǎo)的九節(jié)銅炮，很大，很重，也很貴重，這個(gè)銅炮一般情況下很少使用，但在這個(gè)節(jié)骨眼上，向打中南王的清軍開(kāi)了一炮，那可以說(shuō)是驚天動(dòng)地，把清軍駐扎旁邊一棵足要五六個(gè)人才能?chē)У拇笳翗?shù)都轟倒了，那一批清軍連同放炮那小子，也一同打下江去喂魚(yú)了，可見(jiàn)其威力是非常巨大的。雖然仇是報(bào)了，可是，太平天國(guó)真正的創(chuàng)始人南王馮云山卻永遠(yuǎn)閉上了眼睛。
太平天國(guó)南王馮云山被炮擊身亡。開(kāi)創(chuàng)了清軍和太平天國(guó)開(kāi)戰(zhàn)以來(lái)第一位被殺主要開(kāi)國(guó)創(chuàng)始人，咸豐帝在接到八百里奏報(bào)時(shí)已經(jīng)在一個(gè)多星期后了。隨后咸豐帝大喜，下旨嘉獎(jiǎng)有功之臣，整個(gè)朝廷上下振奮。