主要事件篇（部分內(nèi)容）

　　暗影之地一戰(zhàn)

　　5年前，由于暗影之地封印力量的消失，撒姆斯再次復(fù)活，卻被重返地球的雷亞斯，以犧牲自己為代價再次將其封印在暗影之地中，并以此換取地球短暫的和平。

　　新世界降臨

　　時間來到5年后，地球已經(jīng)很久沒有遭受怪獸的侵害了，似乎恢復(fù)了和平。與此同時，隨著科技的進(jìn)一步發(fā)展，人類開始進(jìn)入下一個時代“新世界”，然而，新時代的降臨并不意味著是新的開始，相反是毀滅倒計時的開始。

　　超自然死亡事件

　　地球雖然已經(jīng)很久沒有遭受怪獸的侵害，但自新世界降臨以來，世界各地開始出現(xiàn)多起不明原因的超自然死亡事件，弄得是人心惶惶的。為此，世界各國開始組建調(diào)查隊，并開始對這些突然出現(xiàn)的不明原因的事件進(jìn)行調(diào)查。

　　復(fù)活的撒姆斯

　　由于封印的力量到達(dá)了極限而復(fù)活的撒姆斯，并開始在暗中吸收人類的生命能量活動著。

　　謎之生命體·撒姆斯，和登場于高斯奧特曼外傳5中的黑暗之魂同屬一種特殊的宇宙生命體，也可以說是黑暗之魂的異類姿態(tài)，他們通常沒有固定的形體，一般是以靈魂姿態(tài)活動，平常用肉眼也看不見，只有通過吸收人類的生命能量，才會以實體的形式出現(xiàn)。

　　火星遇襲

　　位于地球外的火星麥尼斯基地在這時遭到了不明力量的襲擊陷入絕境中，然而，火星基地遇襲，地球的第一道防線淪陷。

　　火星麥尼斯，別名麥尼斯防衛(wèi)基地，是幻影小隊早期為保護(hù)地球，抵御宇宙侵略者所設(shè)立的一道防線，同時，過去也曾是幻影小隊的常駐基地，但后來因為幻影小隊的離開，麥尼斯基地被關(guān)閉了。

　　直到5年前，徐辰陽在失蹤前重新開啟位于火星的麥尼斯基地，并以此作為地球抵御宇宙侵略者所設(shè)立的一道防線。

　　兄弟重逢

　　由于接到群眾的舉報，說在距離市區(qū)幾公里外的庫爾斯森林這里，有人曾見到過奇怪生物在這里出現(xiàn)，為此，暗靈小隊派劉文昊和林曉曼兩人前往庫爾斯森林調(diào)查，但在進(jìn)入到一座神秘遺跡時，兩人卻遭到了傳聞中所謂的異獸的攻擊，危急關(guān)頭，一個神秘人現(xiàn)身，神秘人不僅幫他們擊退了那些異獸，還治好了受傷的林曉曼。

　　然而，就在那個神秘人摘下了自己的斗篷，以原本的樣貌顯現(xiàn)在兩人目前時，劉文昊這才發(fā)現(xiàn)眼前的人，原來是他失蹤了多年的哥哥夏宇航，就這樣兄弟兩人再次重逢了。

　　雷影斯客串回歸

　　為了阻止寄生宇宙人“伊路德人”的陰謀，雷影斯再次返回地球，并與昔日的同伴重逢，后在自己身上的傷痊愈后，便告別眾人離開了地球。

　　神影EX誕生

　　本作登場的戰(zhàn)斗機，是以神影S1為原型開發(fā)的出來新型戰(zhàn)機，原本該戰(zhàn)機在測試階段，后經(jīng)過多次的改良和調(diào)整，在第九章中正式登場。

　　訓(xùn)練空間

　　為了提升各自的戰(zhàn)斗實力，劉文昊和夏宇航向著新幻影小隊昔日的基地出發(fā)了，同時，位于新幻影小隊·南坤市基地地下的訓(xùn)練空間也得以重新出現(xiàn)。

　　初次相遇

　　初到東京的徐辰陽與一直在東京生活的林明杰（高影）相遇，并從林明杰（高影）口中得知了其父親從前的往事，以及與雷亞斯一起并肩作戰(zhàn)的故事。

　　艱苦的訓(xùn)練

　　在得知了自己父親往事的徐辰陽，想要請林明杰訓(xùn)練來自己，然而，林明杰卻告訴他，自己的訓(xùn)練可是艱苦的，他擔(dān)心徐辰陽身體吃不消。

　　可徐辰陽卻堅定不移的告訴他，父親能夠做到的事，自己一定也能夠做到的，看到他如此堅持，林明杰只好答應(yīng)了他的請求，就這樣，艱苦的訓(xùn)練之路開始了。

　　完成訓(xùn)練（卡羅特蘇醒)

　　經(jīng)過一段時間的艱苦訓(xùn)練后，徐辰陽完成了林明杰的訓(xùn)練，然而，他不僅完成了訓(xùn)練，還成功喚醒了五年前陷入沉睡的卡羅特，就這樣，徐辰陽與林明杰告別，踏上回國的旅程，戰(zhàn)斗也正式拉開序幕。