在第三次忍界大戰(zhàn)徹底爆發(fā)后，長期活躍在戰(zhàn)爭前線的神原真司，修煉時間大幅減少。
導(dǎo)致沸遁的開發(fā)也用了一年半的時間才完成，塵遁的開發(fā)更是遙遙無期，沒有絲毫進展，被他無限期擱置了。
不過相對應(yīng)的是，神原真司因為戰(zhàn)功而早卡卡西一年被村子破格提拔成為了上忍，一個僅十歲就名噪一時的天才上忍。
這幾年里，在砂隱戰(zhàn)場上，神原真司直面了同為灼遁血繼忍者的葉倉，第一次在人前使出了他所擁有的第二種血繼限界，炎遁。
與葉倉平分秋色的一戰(zhàn)，加深了神原真司對灼遁的領(lǐng)悟，讓他的實力更進一步，更讓他有了炎灼使的名號。
在云隱戰(zhàn)場上，神原真司旁觀了金色閃光對戰(zhàn)云隱AB組合之戰(zhàn)，第一次近距離目睹了忍界巔峰忍者之間的戰(zhàn)斗，讓他對于飛雷神之術(shù)這個時空間忍術(shù)更加渴望了。
除此以外，為報卯月真咲手臂被廢之仇，神原真司還主動挑上了云隱磁遁忍者特洛伊，在戰(zhàn)場上將其一舉擊殺。
將碰觸到的東西磁化，再通過磁化物品的接觸將磁性轉(zhuǎn)移到敵人身上，讓敵人身體磁化，再借由磁性攻擊敵人，使敵人無法躲避的磁遁·磁化之術(shù)，根本奈何不了神原真司。
必中的方片手里劍也就只能對付一下普通忍者了，對已經(jīng)開發(fā)出磁遁的神原真司來說，特洛伊使用的所有攻擊都是徒勞的。
特洛伊運用磁遁的方式太過拉胯，無論是砂鐵，砂金，還是砂子，都遠勝他所謂的磁化手里劍。
四大自然力之一的磁力的真正威力可不止這一點，只可惜神原真司自身文化程度和知識儲備不夠，無法深入運用磁力。
不過即便如此，只要神原真司肯花費一定的時間去開發(fā)自身的磁遁，未來就可以在磁遁上輕松強過忍界其他磁遁忍者。
單身出陣的神原真司，炎遁與灼遁并用，輕松的完成了一場碾壓式的戰(zhàn)斗，特洛伊四人小隊更是被他全數(shù)擊殺，這一戰(zhàn)后，他便被村子破格提拔為了上忍。
隨即而來的是神原真司在黑市懸賞金的提高，一個還沒完全成長起來的少年天才，在黑市的懸賞是高過他本身的身價的。
之后神原真司更是與波風(fēng)水門、秋道丁座，以及原小隊隊長油女志微一起，頻繁的執(zhí)行A級和S級的任務(wù)。
期間神原真司參與了封印了樓蘭古國的龍脈封印，但過程中卻沒有遇到時空來客，水門父子也沒有相遇，這一點他能確認，因為他事后查看過記憶沒有被封印的情況。
在草之國的對巖隱戰(zhàn)場上，與波風(fēng)水門一起前去支援木葉前線防御部隊的神原真司，第二次遇到了爆遁狩。
今非昔比的神原真司輕易結(jié)果了曾經(jīng)叫囂要結(jié)果他，卻被他廢了左臂的爆遁狩，還消滅掉了爆遁狩率領(lǐng)的一整支巖隱爆破小隊，及時為僅剩四人的木葉前線防御部隊解了圍。
神無毗橋之戰(zhàn)后，接到野原琳求援的神原真司，還從巖隱精銳部隊的包圍中，救下了留下斷后，拖延時間的卡卡西和邁特凱兩人。
也就是在這一戰(zhàn)中，卡卡西以千鳥切斷了巖隱忍者發(fā)動的大范圍攻擊術(shù)式所制造出來的雷電，讓千鳥有了雷切之名，在這之后沒多久，木葉與巖隱的戰(zhàn)爭便徹底結(jié)束了。
木葉歷四十六年，由于金色閃光波風(fēng)水門在前線的突出表現(xiàn)，以大野木為首的巖隱高層抽調(diào)千名忍者，穿過草忍者村對木葉進行突襲計劃遭到遏制。
在神無毗橋一戰(zhàn)失利，補給線被以金色閃光波風(fēng)水門為首的小隊切斷后，面對砂隱介入的巖隱，只好選擇了和木葉和平談判，結(jié)束戰(zhàn)爭。
當(dāng)然這里面也有猿飛日斬認下了承認巖隱活動，放棄戰(zhàn)后索賠權(quán)力的合約的原因。
也正因為此，為了對在戰(zhàn)爭中犧牲的木葉忍者負責(zé)，同時迫于木葉高層志村團藏的壓力，全面承擔(dān)責(zé)任的猿飛日斬才主動退位，辭去了三代目火影的職位。
不肯輕易放手大權(quán)的猿飛日斬，在與大名的會議上，直言自己的得意弟子大蛇丸眼中藏有惡意和野心，拒絕了讓大蛇丸擔(dān)任火影，隨后提名徒孫波風(fēng)水門接任他的位置，提名也順利的通過了。
得知消息的大蛇丸，與志村團藏一致認為猿飛日斬此舉是把波風(fēng)水門當(dāng)做傀儡，師徒一同掌控木葉。
從結(jié)果上來看，猿飛日斬在退位后依舊把持著極大的權(quán)力，暗部沒有移交給波風(fēng)水門，而是讓水門自行組建直屬暗部。
政務(wù)方面就更不用說了，以波風(fēng)水門經(jīng)驗不足需要指導(dǎo)為由，從卸任到九尾之亂，猿飛日斬一直都沒有放手政務(wù)。
當(dāng)然這些政治上的事情和神原真司沒什么關(guān)系，戰(zhàn)爭結(jié)束給他也帶來了不少的好處，除了修行時間的變多之外，也方便了他學(xué)習(xí)村子所擁有的高級忍術(shù)，乃至部分禁術(shù)。
在木葉，完成高級別的任務(wù)是可以申請學(xué)習(xí)新的忍術(shù)的，去執(zhí)行有些特別危險的任務(wù)時，村子還會提前將忍術(shù)預(yù)支。
猿飛日斬在位時，神原真司很少用功績來換取新的忍術(shù)，只換了幾種B級的五遁術(shù)，大部分功績都積攢了下來。
一來他是為了積攢更多功績換取更高級的忍術(shù)，二來是他認為不是提出學(xué)習(xí)如飛雷神這種禁術(shù)的時候，因為猿飛日斬不一定會同意，而且如果因此暴露了野心就不值當(dāng)了。
四代目波風(fēng)水門剛繼任沒幾天，神原真司便前往火影辦公室，提出了將自己積累的戰(zhàn)功和以前沒有兌換的任務(wù)獎勵全部兌換掉的請求，并指明了想要學(xué)習(xí)的忍術(shù)。
剛繼任沒幾天的波風(fēng)水門，很爽快的答應(yīng)了神原真司的請求，同意讓他閱覽所提出想要學(xué)習(xí)的所有忍術(shù)，并且還答應(yīng)了可以指導(dǎo)他學(xué)習(xí)飛雷神之術(shù)。
不過波風(fēng)水門也對他提出了一個要求，即希望神原真司能加入他所新組建的直屬于他的暗部當(dāng)中，擔(dān)任隊長之職，管理他所組建的幾支暗部小分隊，當(dāng)然這其中不包括負責(zé)護衛(wèi)火影的影衛(wèi)隊。