蒙古大軍兵臨城下，阿拉丁卻不在城中，原來早在蒙軍進攻至錫爾河時候這位曾經(jīng)狂妄的蘇丹就已經(jīng)嚇破膽了，留下部將阿爾潑駐守撒馬爾罕，自己腳底抹油提前跑了。
撒馬爾罕是花剌子模的政治經(jīng)濟中心，關系著兩河流域人心向背，不管阿拉丁在不在城中都要拿下。鐵木真先是派兵掃清了撒馬爾罕外圍的所有花剌子模軍事?lián)c，切斷撒馬爾罕與外界所有聯(lián)系，接著命諸將分別駐扎東西南北城門外，并將隨軍俘虜每十人編為一隊，每隊執(zhí)一面旗子，在城外巡回示眾，以向城中守軍顯示蒙軍兵威強盛。
行軍打仗士氣很重要，士氣就是心理，鐵木真通過俘虜游行旨在打擊守軍士氣，攻城未開始先來了一輪心理戰(zhàn)。
阿拉丁雖然慫包，但他留下的阿爾潑卻是一員驍將，蒙軍搞了一輪心理戰(zhàn)以為能給守軍來個下馬威，沒想到俘虜還沒走完阿爾潑便率軍開城迎戰(zhàn)直沖鐵木真主力，蒙軍沒想到花剌子模還敢出城野戰(zhàn)慌忙接戰(zhàn)，雙方混戰(zhàn)在一起從白天殺到日落，方才各自罷戰(zhàn)回營。
阿爾潑作戰(zhàn)勇猛，首戰(zhàn)與蒙軍殺的不分勝負，撒馬爾罕又是首都城防堅固，如果所率五萬守軍拼死抵抗將給鐵木真造成極大麻煩。但鐵木真的敵后工作做的非常細致，早就打聽到了城中有一部分康里軍隊，在使者秘密策動下，這支康里軍隊答應投降。
康里部世居咸海以北，是南北朝時期高車族的后裔，當年北魏北伐漠北，把柔然打得落花流水，柔然戰(zhàn)敗后西遷又搶了高車族地盤，高車族無奈之下只好翻越阿爾泰山來到咸海北部生活。
都是匈奴后裔，都是游牧民族，鐵木真在民族團結方面手段非常高明，經(jīng)過幾番接觸就把康里人拉到了自己陣營之中，阿爾潑回城固守后沒幾天，康里人便開城投降，蒙軍殺入城中后阿爾潑率花剌子模軍巷戰(zhàn)，且戰(zhàn)且退退至內城，堅決不投降。
內城城防不比外城，蒙軍加強攻勢，內城很快便被攻陷，阿爾潑再也抵擋不住，只得趁著內城陷落前一個夜晚突圍逃走。
經(jīng)過短短八天圍攻，金興定四年、南宋嘉定十三年四月花剌子模首都撒馬爾罕淪陷，接著蒙古人又開始了拿手好戲-屠城。
撒馬爾罕原有百姓數(shù)十萬，蒙軍從中挑出三萬余工匠和手工業(yè)者、三萬民夫從軍，又留下五萬人作為要挾阿拉丁交納贖金的人質，其他幾十萬百姓全部屠殺殆盡。
攻占撒馬爾罕后，鐵木真并未就此收兵，而是繼續(xù)派兵向西深入，一路由哲別和速不臺率領追擊蘇丹阿拉丁，另一路由術赤察合臺窩闊臺三人率領進攻花剌子模舊都玉龍杰赤。
早在蒙軍圍攻撒馬爾罕之前，阿拉丁便出逃到了阿姆河畔城市忒爾迷，撒馬爾罕陷落后阿拉丁意識到兩河流域一帶即將被蒙古人全部攻占，于是率部越過阿姆河向西逃亡。
來到阿姆河西岸后，阿拉丁在附近的巴爾黑駐扎了一段時間，期間國相阿馬都從玉龍杰赤趕來增援，但沒過多久阿拉丁便又聞探子回報哲別速不臺率軍追擊而來，于是又丟下巴爾黑繼續(xù)西逃。
貧賤夫妻百事哀，君臣也一樣，跟隨蘇丹一同逃亡的國相阿馬都一路奔波逐漸起了異心，想要謀殺阿拉丁，被挫敗后仗著自己手下也有部隊便揚長而去，阿拉丁只好繼續(xù)率部向西逃亡，來到了你沙布爾（今伊朗東北部內沙布爾市）。
好巧不巧，阿拉丁逃進你沙布爾后，花剌子模的太后禿兒罕也從舊都玉龍杰赤逃進了你沙布爾，母子倆相遇后面面相覷。
阿拉丁是禿兒罕太后的親生兒子，可禿兒罕太后卻對自己的兒子不怎么待見。禿兒罕太后是康里人，阿拉丁成為蘇丹后憑借自己太后的身份聚攏了一批康里人，因為早年多次代表國家與宗主國西遼周旋，禿兒罕太后在民間備受尊崇，儼然成為花剌子模國內一股強大的政治勢力。
西遼末年，阿拉丁率軍攻滅西喀喇汗王國，并將都城從舊都玉龍杰赤遷至原西喀喇汗王國首都撒馬爾罕。但阿拉丁遷過去了，禿兒罕太后卻不愿挪窩，依然待在玉龍杰赤，與之同時留在玉龍杰赤的還有一大幫康里軍隊，阿拉丁雖然很不爽，但自己親媽沒辦法，只好聽之任之。
蒙古人打過來之后，阿拉丁左支右絀，花剌子模卻步步敗退，而在玉龍杰赤坐擁數(shù)萬軍隊的禿兒罕太后不發(fā)一兵一卒，眼睜睜的看著蒙軍入侵，撒馬爾罕陷落。但攻陷撒馬爾罕之后的蒙古人并沒有停下腳步，而是繼續(xù)發(fā)兵進攻玉龍杰赤，禿兒罕太后眼見國家大勢已去，只好率軍出逃，好巧不巧跟兒子同時逃進了你沙布爾。
本就心懷芥蒂的母子并沒有因為危難摒棄前嫌共同御敵，而是再次互相指責，面對追擊而來的蒙古人，兩人各執(zhí)己見，阿拉丁率部繼續(xù)西逃，禿兒罕太后則率部躲到了附近山中的軍事要塞哈倫堡。
哲別軍隊來到你沙布爾后，你沙布爾居民開城迎降，一番詢問后得知兩個大人物先后離開，哲別立即率軍出發(fā)，在當?shù)厝藥ьI下找到了山中的哈倫堡。
哲別此次奔襲帶的全是騎兵，拿哈倫堡的防御工事沒什么辦法，但攻城不行可以圍城，反正花剌子模野戰(zhàn)根本不是蒙軍對手，你沙布爾地處中東，中東大家都知道，除了石油就是沙漠，古代又沒有石油那就只剩下沙漠。哲別圍城之后城內很快斷水，半個月后的六月下旬，哈倫堡守軍開城投降，禿兒罕太后被俘。
太后被抓了，蘇丹還在逃跑路上，阿拉丁西逃到哥疾寧（位于今伊朗北部里海南岸），在此與兒子屋肯哀所部匯合，重整旗鼓，居然又拼湊起了三萬士兵，準備在哥疾寧打一場防守反擊。。
阿拉丁想得挺美，但花剌子模士兵們已經(jīng)被蒙古人嚇破了膽，哲別得知阿拉丁下落后繼續(xù)率兵追擊，進至哥疾寧不遠處的合耳拉耳（今伊朗首都德黑蘭東側）時，阿拉丁父子再次分頭逃竄，三萬大軍不戰(zhàn)自潰。
再往西南走是波斯地盤，是花剌子模另一個死對頭，東邊蒙古人又緊咬著不放，阿拉丁情急之下向北進入里海，渡海到了海中一個名叫阿必斯昆的小島（位于里海南部，現(xiàn)已沉沒）。
哲別率軍追到哥疾寧不見阿拉丁，又打探到對方已乘船入海，一路追到海邊還是晚了一步，阿拉丁早已不見人影。古代不像現(xiàn)代社會有GPS有導航儀，到了海里根本無法搜索，當年趙構被打的實在沒辦法的時候也用過這招，只要躲到海上至少能保住一命。
蒙軍在里海岸邊望洋興嘆，無奈之下只好放棄了追擊阿拉丁，但東躲西藏受盡驚嚇的阿拉丁也走到了人生的終點，沒過多久便病死在阿必斯昆島上。
哲別這一路把阿拉丁攆到了島上最后病死戰(zhàn)果累累，可另一路術赤察合臺窩闊臺三人率領的蒙軍卻不怎么順利，本來兄弟仨率大軍進攻玉龍杰赤勝券在握，可沒想到大軍剛開到玉龍杰赤城下，三人內訌了。
玉龍杰赤當時仍有六萬守軍，鐵木真為了謹慎起見給兄弟三撥了十萬大軍前去攻城。
術赤是鐵木真長子，所有王子的大哥，也就理所應當?shù)某蔀檫@支蒙軍的主帥。興定五年二月，剛來到玉龍杰赤城下的蒙軍立足未穩(wěn)便遭到城中守軍突襲，前鋒部隊被打得大敗，術赤下令大軍將玉龍杰赤團團圍住，先不打，派使者進去談，希望花剌子模人開城投降。
連續(xù)談了幾天，毫無進展。術赤只好下令攻城，可玉龍杰赤城高池深，所處阿姆河沖積平原又缺少石料，投石機無法發(fā)揮作用，術赤只好派人到附近樹林里砍伐大樹剁成小段，再用水泡后增加重量，就當做大石頭的替代品，向玉龍杰赤投擲。
匆忙準備起來的器械效果有限，術赤又派三千人敢死隊繞道阿姆河大橋攻打玉龍杰赤西門，沒想到守軍開城迎擊，與蒙軍在城門血戰(zhàn)，最終敢死隊不敵守軍全軍覆沒。
招降招不動，強攻也攻不下來，蒙軍內部逐漸產(chǎn)生分歧，老二察合臺開始指責術赤，說他瞎指揮。
察合臺這么一指責，術赤立即反唇相譏，兩人各執(zhí)一詞互噴，接著各率部眾開始分頭行動，各打各的，看誰能把玉龍杰赤拿下來。
術赤跟察合臺兩兄弟之間的仇不是一天兩天了。
鐵木真原配孛兒帖有四個兒子，長子術赤、次子察合臺、三子窩闊臺和幼子拖雷，帝王之家同母兄弟原本應該是最親密的家人，后來清朝皇太極死的時候多爾袞就是靠著同母弟多鐸、阿濟格兩人全力支持才當上的攝政王，可鐵木真這四個嫡子不一樣，大哥術赤的血統(tǒng)問題一直是兄弟幾個心里的疙瘩。
早年孛兒帖曾被蔑兒乞人搶走一段時間，回到乞顏部后不久便生下了術赤，盡管鐵木真將術赤視如己出根本沒拿孩子當外人，可真正的外人看的門兒清，這孩子生辰年月就不對，不可能是鐵木真的孩子。
血統(tǒng)這東西不是說你是成吉思汗就能改的，術赤就在外人的偏見和爭議中長大，外界的議論當然影響不了鐵木真本人，但可怕的是孛兒帖后來三個孩子陸續(xù)出生，而這三個孩子都是毫無爭議的鐵木真親生兒子，于是兄弟四人便在周圍的陰陽怪氣兒中長大，人們給其他三個兄弟不停地灌輸著大哥術赤是野種的觀念。
說著無心聽者有意，鐵木真是蒙古的主人，百年之后蒙古就是兄弟四人的，如果兄弟四人血脈相同也就罷了，可術赤這樣的外人現(xiàn)在要分一杯羹，憑啥？
尤其是次子察合臺對術赤意見最大，術赤要是不在察合臺就是大哥，現(xiàn)在他一個外人當大哥還要分家產(chǎn)，察合臺是一百個看不順眼。蒙軍西征花剌子模前夕，因為鐵木真已經(jīng)年逾六十，臨行曾召開部族大會要在四個兒子中選出接班人，鐵木真提議選術赤，結果察合臺率先站出來反對，術赤一看察合臺當場拆臺也是怒火中燒，兄弟倆一言不合在大會上大打出手，最后氣的鐵木真剝奪了兄弟倆的繼承權，把接班人定為老三窩闊臺。
窩闊臺有家業(yè)，便對血統(tǒng)不血統(tǒng)的看的就淡了，老四拖雷比幾個哥哥都小從小就受照顧，輕易不參與哥哥們的爭吵，于是此后矛盾便在術赤和察合臺之間越來越深。
蒙軍此前四路分兵時鐵木真曾許諾，日后玉龍杰赤將分封給術赤作為領地，撒馬爾罕將分封給察合臺作為領地。既然玉龍杰赤以后是自己的，術赤自然想保存一座完整的玉龍杰赤以便于日后統(tǒng)治，但察合臺領地不在此，來了純屬幫忙，趕緊攻破城池進去搶一把才是正事兒，兩兄弟目的不一樣，攻城的策略也不一樣。
玉龍杰赤城下，術赤領自己部眾單獨行動，察合臺也領自己部眾單獨行動，窩闊臺雖然此前曾被指為接班人但帶兵打仗要看資歷，跟兩個哥哥比他屁都不是，只好在中間來回斡旋。
蒙古十萬大軍離心離德，在玉龍杰赤城下耗了半年，從二月圍到八月，損兵折將卻無尺寸之功。三兄弟鬧內訌之事終于被鐵木真得知，大怒之下派使者前來傳令，剝奪術赤和察合臺軍權，十萬大軍全部交由窩闊臺統(tǒng)率。
換帥窩闊臺后，蒙軍重新集結集中力量攻擊攻城，在蒙軍排山倒海般進攻下，玉龍杰赤終于支持不住，城墻被投石機轟塌，蒙軍一擁而上攻入城中，花剌子模軍民在城中展開巷戰(zhàn)，連女人都投入戰(zhàn)場與蒙軍血戰(zhàn)。玉龍杰赤是花剌子模舊都，城市非常大，守軍在城內輾轉抗戰(zhàn)，又足足堅持了七天，彈盡糧絕之下終于投降。
城破了，守軍降了，接下來的戲碼非常熟悉，蒙古人把工匠挑了出來，婦女兒童收為奴隸，其他人全部屠殺，而且為了發(fā)泄攻城不力的憤恨，窩闊臺下令縱火將玉龍杰赤焚毀，接著又掘開阿姆河引水淹城，玉龍杰赤慘遭到火燒水淹，一座中亞歷史名城最終只剩下一片廢墟。
玉龍杰赤原本是鐵木真許給術赤的封地，雖然窩闊臺臨危受命統(tǒng)帥三軍拿下了城池，但直接毀掉玉龍杰赤基本上就等于毀掉了術赤的財產(chǎn)，如此絕情的手段使得兄弟間的隔閡更深，原本是老大老二之間不對付，現(xiàn)在老三摻和進來給了老大狠狠一擊，對于術赤來說，蒙古已經(jīng)不再是自己的家，蒙軍已經(jīng)不再是自己的親人，仇恨與分裂的種子就此埋下，終將生根發(fā)芽，不可阻擋。