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慈禧垂簾聽政以后，借整頓吏治之機，此案又被提及。慈禧痛下決心，一定嚴(yán)懲，要殺一儆百。負(fù)責(zé)總辦秋審的刑部郎中余光綽就是常州人，對何桂清十分憤恨，而他恰好負(fù)責(zé)此案。
他認(rèn)為僅依據(jù)“封疆大吏失守城池斬監(jiān)候，秋后處決律“是不夠的，又加上何桂清擊殺執(zhí)香跪拜父老十九人，傷天害理，罪當(dāng)加重，擬斬立決。
然而，盤根錯節(jié)的政治關(guān)系，卻使本已定罪明確的案件變得十分復(fù)雜，來自于方方面面的說客竭力為其開脫。這些人各懷心腹事，有的是私交甚厚，有的是兔死狐悲，有的是不明是非，有的是見風(fēng)使舵。
一時間，圍繞是否誅殺何桂清掀起一股狂瀾。慈禧執(zhí)意認(rèn)為舉國用兵，如果包庇臨陣脫逃的將帥，又何以鼓舞三軍士氣？爭論沒有阻擋住慈禧殺何桂清的決心。
自太平天國爆發(fā)以來，清廷封疆大吏及府縣各官，連連失地棄城。有的府縣官員赴任之所，因地當(dāng)要沖或鄰近太平軍，竟規(guī)避不前，數(shù)年不到任。
有的官員則是太平軍一到，即棄城逃走，為逃避失城罪責(zé)，事后托請上司倒填年月，捏稱因公赴鄉(xiāng)出境。
此類積弊一直未予嚴(yán)肅處理，以致吏治日壞，喪師失地之員日見其多。
看完奏折，慈禧斷然處決何桂清，軍興以來第一次使一品大員以失地棄城罪伏誅，剎了上述歪風(fēng)，整飭了吏治，綱紀(jì)為之肅然。
但是，這還不夠，慈禧要借此立威，重塑朝綱！慈禧垂簾不久，適逢三年一次對官員進行考核的“京察“和“大計“。
這是效仿明朝的官員管理制度而實施的一項對現(xiàn)任官考核的制度。
每三年考核一次，對京官的考核叫“京察“，對地方官的考核叫“大計“。按照清朝的制度，京察時三品以下官員由吏部和都察院負(fù)責(zé)考核。
三品以上官員及總督、巡撫等方面大員，則先自陳政事得失，最后由皇帝敕裁。經(jīng)過考察后，官員按照“稱職“、“勤職“、“供職“三種等級，實行獎懲。
“大計“是考核道、府及州縣官員。一般是由各級官員依隸屬關(guān)系逐級考察，做出評斷，最后申之各省督撫，核其事狀，注考造冊，送吏部復(fù)核。
“大計“后的官員，按“卓異“與“供職“兩個等級獎懲。清朝對官員的考績，不論是“京察“還是“大計“都以“四格“、“六法“作為考核標(biāo)準(zhǔn)。
所謂“四格“是指“才“（指才干，分長、平、短三等），“守“（指操守，分廉、平、貪三類），“政“（指政務(wù)，分勤、平、怠三類），“年“（指年齡，分青、中、老三類）。
所謂“六法“是指“不謹(jǐn)“、“罷軟無為“、“浮躁“、“才力不足“、“年老“、“有疾“等六個方面的缺失。經(jīng)過考核，被列入“不謹(jǐn)““罷軟“者，革職處分；屬“浮躁““不才“者降級；“年老““有疾“者勒令退休。
這種制度的實施，其目的在于獎優(yōu)罰劣，使各級官員時時恪盡職守、效忠朝廷。京察與大計涉及官員的獎懲，賄賂徇庇就是司空見慣的官場事情。
長官往往博寬大之名，每屆京察，只黜退數(shù)人，余概優(yōu)容，而被劾者，又不免冤抑。
慈禧認(rèn)為，此次官員考核是她推行吏治整頓不可多得的機會，通過考核可以裁汰庸懶、老弱、不稱職的官員，也可以使官場有所警示，尋求振作。
為達到自己滿意的效果，慈禧親自掌握這次考核的獎懲大權(quán)。
慈禧認(rèn)為，要取得此次考核不同以往的效果，就不能虛應(yīng)了事。因此，慈禧親自掌握獎懲大權(quán)，議政王奕提供考察依據(jù)，兩宮太后分別引見各級官員，依據(jù)政績，給予考核。
考核的原則：以官聲、政績?nèi)∪恕３煽兺怀稣?，給予破格提拔；平庸衰朽者，不論“年已逾歲“或?qū)⒔蔟g，都勒令退休。為的是將年富力強有進取心的官員安排在重要崗位上。
潘祖蔭，字伯寅，號鄭庵。咸豐二年探花。他以才華出眾、耿介敢言蜚聲朝野。左宗棠由于樊燮一事被劾時，潘祖蔭就曾積極上疏為左宗棠辯白，竭力推薦左宗棠的才能。
其中“天下不可一日無湖南，湖南不可一日無左宗棠“就是出自他之口。
慈禧垂簾聽政開始，曾經(jīng)詔求諫言，潘祖蔭上疏請皇上勤圣學(xué)，求人才，整軍務(wù)，裕倉儲；敬請免民賦以紓民力。慈禧批閱后頗為欣賞，認(rèn)為這是一個不可多得之人才，京察中將其升任光祿寺卿。
將年老體衰已不能勝任工作的內(nèi)閣學(xué)士巴彥春、平庸無能的光祿寺卿雷以諴和品行污下的光祿寺少卿范錄典，一律同時勒令退休。
在官員任用上不分滿漢，獎懲分明。
但對于剛剛垂簾聽政的慈禧來說，她與歷代皇帝一樣，對于漢族官員尤其是統(tǒng)軍大員有著極大的戒備心理。
然而慈禧這時清楚，直接威脅大清統(tǒng)治穩(wěn)定的是，長江流域的太平軍和黃河流域的捻軍，這些心腹大患一天不除，她的統(tǒng)治就一天不得安寧。
然而，環(huán)視左右，那些滿族大員不是顢頇無能，就是妄自尊大。從咸豐爺?shù)阶约捍购熉犝氖嗄觊g，一直盡心盡力效忠朝廷、屢受挫折卻堅持圍剿太平軍的最大功臣，卻是以曾國藩為首的漢族官員。
在清朝的政治體制中，一直堅持滿重漢輕的原則。滿族官員不僅在決策中擁有絕對的權(quán)力，而且占據(jù)重要職位，以維持滿人的顯赫地位。
然而，隨著滿人整體政治素質(zhì)的下降，越來越多的政治、軍事活動不得不依賴漢人官僚和士紳。肅順就喊出了“天下滿人混蛋多“，應(yīng)該是這一時期社會的真實寫照。
慈禧同樣擔(dān)心曾國藩的發(fā)展會成為威脅大清統(tǒng)治的地方勢力，然而她更清楚，對于她來說為患最重的是太平軍的存在。而對于官員任命中的滿漢分治，慈禧有著更為現(xiàn)實的考慮。