獨眼巨人、百手巨人與奧林帕斯眾神結成聯盟。獨眼巨人和赫淮斯托斯合作，為宙斯打造了閃電權杖。這把閃電權杖蘊含了巨大的能量，只有宙斯能夠舉起。宙斯試著用了一下閃電權杖，一個霹靂從天而降，高貴泰坦和妖怪們嚇破了膽。獨眼巨人又為波塞冬打造了三叉戟，為哈迪斯打造了雙股叉。三叉戟蘊含的能量可以制服海洋，雙股叉的能量可以壓制亡靈。
宙斯兄弟們很高興，認為可以向亞特蘭蒂斯進攻了。耶和華道：“強有力的宙斯，尊敬的奧林帕斯眾神?？肆_諾斯作為神王，可以征調上百顆殖民星球的軍隊。故攻擊亞特蘭蒂斯的要點是摧毀傳送門廣場，別讓外星部隊抵達原星球?！?p> “說得對，”宙斯道，“雅典娜，快通知阿堪透斯，讓他做好準備，準備遠征?！?p> 阿堪透斯從薩拉米斯海灣打撈了一艘亞特蘭蒂斯沉船，讓奧林匹亞科斯人模仿著建造戰(zhàn)艦?？紤]到奧林匹亞科斯人不擅長海戰(zhàn)，為此他在戰(zhàn)艦上設計了接舷吊橋，能夠鉤住敵方戰(zhàn)艦甲板，形成吊橋，讓士兵們從吊橋上沖過敵方戰(zhàn)艦上去戰(zhàn)斗。
阿堪透斯和帕爾修斯率領一隊戰(zhàn)艦進攻第七區(qū)，阿堪透斯看到西緒福斯作為代理執(zhí)政官指揮第七區(qū)艦隊就來氣，因為西緒福斯出賣了他的兒子克洛斯。
阿堪透斯讓戰(zhàn)艦接近西緒福斯的戰(zhàn)船，放下接舷吊橋。阿堪透斯第一個沖過吊橋，無人能擋，他走到西緒福斯面前，用長矛刺穿了這個叛徒的身體。第七區(qū)艦隊士兵們討論，他們的執(zhí)政官本來就不是西緒福斯，而是阿堪透斯，他們應該聽從阿堪透斯。于是第七區(qū)士兵不停地喊：“第七區(qū)艦隊歡迎阿堪透斯執(zhí)政官回歸，接受執(zhí)政官指揮！”
第七區(qū)倒戈的消息傳到亞特蘭蒂斯城里，克羅諾斯大怒，一面命令大部隊圍剿第七區(qū)，另一面組織一支精良部隊進攻第二區(qū)的迷思學園，要迷思學園交出克洛斯。
迷思學園上下驚恐，智者們紛紛要求柏拉圖獻出克洛斯。柏拉圖拒絕，他將一封信交給克洛斯，道：“好孩子克洛斯，將這封信送到奧林匹亞科斯大陸色雷斯形而上學園的亞里士多德?！?p> “老師，”克洛斯道，“您不是說亞里士多德傷了您的心嗎？”
“但他畢竟是我的學生?！卑乩瓐D道。
“老師您不跟著走嗎？”克洛斯哀切地問。
“學園在，我就在；學園不在，我就不在。快去吧！”柏拉圖邊說邊推克洛斯走?？寺逅购瑴I離開老師，向形而上學園而去。
智者們都不理解柏拉圖的行經，柏拉圖對眾智者道：“迷思學園現在解散，各位智者各奔前程吧！”
這話在智者們炸開了鍋，有的不能接受學園解散，有的冷靜后離開學園，有的誓死跟在柏拉圖身邊。亞特蘭蒂斯的軍隊來了，第二區(qū)執(zhí)政官要柏拉圖交出克洛斯，柏拉圖道：“這不可能！”
執(zhí)政官怒道：“你不想活了嗎？”
“我將追隨我?guī)煻??！卑乩瓐D道。
執(zhí)政官下令，“燒了學園！”迷思學園被毀。
卡德摩斯和坦塔羅斯率領的另一支艦隊進攻第三區(qū)，他們把赫淮斯托斯的黃金巨人、白銀巨人、青銅巨人和黑鐵巨人也帶過來了。他們上岸后直奔磁歐石礦場，殺了那里的守衛(wèi)。然后和巨型蜘蛛搏斗，付出巨大傷亡后，取回兩船的磁歐石原礦石。波塞冬讓他們把磁歐石原礦石交給他。
亞特蘭蒂斯的主力部隊都在第七區(qū)，阿堪透斯不停地鼓舞士兵戰(zhàn)斗，帕爾修斯用墨杜薩的頭讓許多亞特蘭蒂斯士兵、樹妖、翼人等變成石頭，但對機械人和其他人造人無效。阿堪透斯部隊漸漸處于劣勢，宙斯拋下一個閃電，阿堪透斯鼓舞道，“弟兄們看啊，宙斯在幫助我們了！”于是阿堪透斯的軍隊士氣大振，戰(zhàn)場形勢出現了轉變。
克利俄斯帶著許珀里翁和忒亞趕過來援助，這邊雅典娜迎戰(zhàn)克利俄斯。阿波羅和阿爾忒彌斯再次找許珀里翁和忒亞決斗，四位神祇從第七區(qū)打到第八區(qū)的神山獵場。
波塞冬和阿瑞斯進攻第三區(qū)，伊阿帕托斯迎戰(zhàn)。當卡德摩斯和坦塔羅斯得到磁歐石原礦石后，波塞冬過去接應，只留下阿瑞斯牽制伊阿帕托斯。
哈迪斯和赫爾墨斯?jié)撊氲谒膮^(qū)的地獄之門，守護地獄之門的地獄獸兇猛異常，它們攻擊任何來犯者，不管是人是妖怪還是泰坦或神祇。哈迪斯第一次使用雙股叉，將所有的地獄獸擊倒。哈迪斯和赫爾墨斯通過地獄之門，去解救瑞亞、俄刻阿諾斯和泰西斯。
宙斯來到亞特蘭蒂斯城上空，用閃電擊毀了兩座星際飛行器?？空?，當他要擊毀第三座星際飛行器停靠站時，克羅諾斯出現并阻止他?？肆_諾斯和宙斯父子倆又打起來，這一次有閃電權杖在身，宙斯占據明顯優(yōu)勢?？肆_諾斯被閃電擊中了好幾次，但不時有其它星球軍隊從傳送門出來幫助克羅諾斯，宙斯不得不分神去打擊這些外星援軍。
這時，波塞冬坐著海底車從外海通過河道趕到亞特蘭蒂斯城內湖底，將磁歐石原礦石安放在這里。宙斯見狀拋出一個大閃電，然后就跑了。
波塞冬聽到這個作為信號的大閃電，就用三叉戟揮打磁歐石原礦石，讓里面的磁歐石爆炸。磁歐石爆炸又引爆了能源館里的磁歐石和沙瓦武器等大規(guī)模殺傷性武器，引起整個亞特蘭蒂斯大陸大地震和大海嘯，繁榮的亞特蘭蒂斯城被沖擊波摧毀；亞特蘭蒂斯大陸被撕成無數碎片，紛紛沉入海底。
克羅諾斯向空中咆哮：“宙斯，波塞冬，看看你們做的好事！整個亞特蘭蒂斯都毀了！”
哈迪斯和赫爾墨斯及時將瑞亞、俄刻阿諾斯和泰西斯從地獄火中解救出來。許珀里翁和忒亞看著亞特蘭蒂斯沉沒，許珀里翁首先對阿波羅和阿爾忒彌斯道：“不要打了，不要打了！我們投降。我們的兒女太陽泰坦赫利俄斯和月亮泰坦塞勒涅交給你們做人質好嗎？”
阿波羅同意了。阿波羅和阿爾忒彌斯見到神山獵場的獨角獸、云鹿、風馬、剛野豬，心癢癢地想打獵，他們覺得神山獵場沉沒海中怪可惜的，于是抓住了許多獵物，送到奧林匹亞科斯大陸各處獵場。
宙斯突然想起他曾許諾要把圣園的金蘋果送給赫拉，決不能讓圣園沉沒。于是他來到第一區(qū)的圣園，他剛到這里，就見到厄庇墨透斯和墨諾提俄斯。他倆見到閃電護身的宙斯就出來投降。宙斯道：“要投降保命可以，但首先要先保護圣園?！?p> 宙斯、厄庇墨透斯和墨諾提俄斯就一起抬升圣園，防止圣園被海嘯摧毀。這時阿特拉斯來了，他先是訓斥兩個弟弟：“厄庇墨透斯和墨諾提俄斯，你們兩個窩囊廢，竟然在幫助宙斯！現在是殺宙斯的好機會！”
宙斯正在抬升圣園，騰不出手來操作閃電權杖。他只好嘗試著騙阿特拉斯：“阿特拉斯，剛才你聽到那聲巨響了嗎？亞特蘭蒂斯將要沉沒，比這更可怕的是天空烏拉諾斯就要塌下來了。如果天空塌下來，我們都保不住性命。我現在只能懇求你出手相助，去頂住將要坍塌的天空?！卑⑻乩共⒉宦斆?，他相信了宙斯的話，迎著走向天空，用肩膀死死地頂住天空泰坦烏拉諾斯。
宙斯又道：“阿特拉斯，堅持住啊，千萬別松開??！”
然后，宙斯和厄庇墨透斯、墨諾提俄斯護住了圣園，他們就離開了，留下愚蠢的阿特拉斯獨自支撐天空。
當亞特蘭蒂斯大陸沉沒時，卡德摩斯和坦塔羅斯已經在回奧林匹亞科斯的船上，但阿堪透斯和帕爾修斯還在戰(zhàn)斗。雅典娜救出了阿堪透斯，當再要去救帕爾修斯時卻來不及了，帕爾修斯隨著亞特蘭蒂斯一起沉沒。
泰坦之戰(zhàn)終于結束了！宙斯將克羅諾斯、克利俄斯和伊阿帕托斯關進地獄塔爾塔洛斯深淵的最深處，由三個獨眼巨人和三個百手巨人看守。許珀里翁和忒亞被嚴密監(jiān)視，阿波羅監(jiān)視赫利俄斯，阿爾忒彌斯監(jiān)視塞勒涅。阿特拉斯永遠支撐天空。普羅米修斯還是被限制在奧林帕斯山周圍。蓬托斯、陶瑪斯、福耳庫斯、刻托和歐律比亞被釋放。福耳庫斯和刻托生下的眾多妖怪遍布奧林匹亞科斯及周邊海島海域。
宙斯成為新一任神王，他封赫拉為天后。但宙斯、波塞冬和哈迪斯三兄弟對于如何分配戰(zhàn)后秩序產生了分歧。