秦孝公三年，商鞅被任命為左庶長(zhǎng)，施行變法。秦孝公十年，商鞅又被提拔為大良造。大良造是秦國(guó)二十個(gè)等級(jí)爵位中的第十六級(jí)，可以說(shuō)是朝廷中實(shí)打?qū)嵉母吖俅罄袅?，可?jiàn)秦孝公很倚重商鞅。
秦孝公改革的目的之一是戰(zhàn)勝魏國(guó)。商鞅被提升為大良造后，在秦孝公的授意下親自領(lǐng)兵攻打魏國(guó)，搶占其安邑（今山西夏縣西北）地區(qū)。此次戰(zhàn)役的規(guī)模雖然不大，但它向歷史宣告：魏國(guó)已不再是秦國(guó)的對(duì)手。
秦孝公十二年，秦國(guó)遷都咸陽(yáng)。咸陽(yáng)在舊國(guó)都雍地的東面，此地占據(jù)山川之險(xiǎn)的同時(shí)更加接近魏國(guó)。
此時(shí)的魏國(guó)仍然以強(qiáng)國(guó)自居，還未把秦國(guó)放在眼里。但變法后的秦國(guó)早已不是當(dāng)年時(shí)常敗于魏國(guó)的秦國(guó)了，秦國(guó)用十年的功夫積蓄力量，已經(jīng)能夠和魏國(guó)匹敵。
遷都咸陽(yáng)后，為了火速超越并戰(zhàn)勝魏國(guó)，商鞅開(kāi)始施行第二次變法。
第二次變法是第一次變法的補(bǔ)充。變法仍然圍繞國(guó)家利益，以打擊落后王族，提升新興勢(shì)力為主。主要內(nèi)容如下：
第一，禁止父子兄弟同室而居，男子都要自食其力。商鞅在第一次變法中規(guī)定，凡是成年男子不分家的，可以通過(guò)繳納雙倍賦稅的方式彌補(bǔ)。在第二次變法中，秦國(guó)百姓的天倫之樂(lè)已經(jīng)被徹底踐踏了，商鞅徹底斷絕了秦國(guó)百姓不分家的后路。至此，商鞅將百姓當(dāng)做實(shí)現(xiàn)秦國(guó)富強(qiáng)的工具已經(jīng)是不言而喻。商鞅禁止言論，百姓敢怒不敢言。怒氣被壓抑，一旦爆發(fā)，商鞅必然難以善后。
第二，合并鄉(xiāng)鎮(zhèn)，統(tǒng)一以縣為單位編制全國(guó)的行政制度。編制后的秦國(guó)共有31個(gè)縣，每個(gè)縣都有縣令和縣丞，縣令是主要責(zé)任人，縣丞是縣令的副手。第一次變法時(shí)，商鞅統(tǒng)一編制戶(hù)籍，便于管理百姓；而在第二次變法中商鞅編制縣制，以地域?yàn)閱挝还芾砣珖?guó)。
經(jīng)過(guò)兩次變法，秦國(guó)百姓受到戶(hù)籍和地域的雙重限制，個(gè)人自由被約束。商鞅屢次約束百姓，目的只有一個(gè)，讓百姓以“耕、戰(zhàn)”為本，杜絕經(jīng)商、學(xué)習(xí)、游說(shuō)和私斗等不利于中央集權(quán)的活動(dòng)。中國(guó)的大統(tǒng)一和中央集權(quán)是由秦國(guó)開(kāi)創(chuàng)的，商鞅改革的貢獻(xiàn)很大。
第三，整治全國(guó)土地，以統(tǒng)一尺度劃分土地，鼓勵(lì)開(kāi)墾。作為法家的杰出代表，商鞅力求實(shí)現(xiàn)一套標(biāo)準(zhǔn)尺度。如果以全國(guó)統(tǒng)一的尺度劃分土地，國(guó)家的賦稅征收就有嚴(yán)格且統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)。賦稅是國(guó)家財(cái)力的主要來(lái)源，一旦賦稅有保證，秦國(guó)作戰(zhàn)就有經(jīng)濟(jì)實(shí)力保障。
第四，統(tǒng)一度量衡，為國(guó)家經(jīng)濟(jì)的發(fā)展創(chuàng)造條件。商鞅改革前，秦國(guó)的測(cè)量尺度有斗、桶、權(quán)衡和尺等，名目繁多，不利于市場(chǎng)交易和國(guó)家稅收。經(jīng)過(guò)改革，全國(guó)都用一套標(biāo)準(zhǔn)，更便于交易。
第一次改革，秦國(guó)走向富強(qiáng)的道路；第二次改革，秦國(guó)走向中央集權(quán)的道路。秦國(guó)由弱國(guó)變成強(qiáng)國(guó)，商鞅功不可沒(méi)。經(jīng)過(guò)兩次改革，秦國(guó)已經(jīng)像一匹能征善戰(zhàn)的千里馬。商鞅希望自己的千里馬能夠踏平其他諸侯國(guó)，實(shí)現(xiàn)全國(guó)的統(tǒng)一就像實(shí)現(xiàn)秦國(guó)度量衡的統(tǒng)一。
新法剛剛使秦國(guó)走向稱(chēng)霸的大道，又有人居心不良觸犯新法。商鞅有改革家的大無(wú)畏精神，不為太子留情面，更不會(huì)為其他人留情面。
上次太子觸犯新法，他的監(jiān)督官公子虔被罰，公子虔恨商鞅入骨。第二次變法施行四年后，公子虔再度犯法。商鞅操起大刀闊斧，毅然決然地處公子虔劓刑。劓刑，就是削割掉鼻子。為了變法，商鞅整得公子虔面目全非，這更加深公子虔的怨毒之心。
公子虔是太子的監(jiān)督官，負(fù)責(zé)太子的道德品行，如果太子行為不合道德要求，他有權(quán)責(zé)指正。商鞅削公子虔的鼻子，在太子的道德監(jiān)督官上動(dòng)刀，就是削道德監(jiān)督官的臉面。
商鞅兩度懲治太子的人，毫不顧忌太子的顏面，使太子對(duì)商鞅心存忌恨，這也為商鞅埋下了禍根。
改革法令頒布后，商鞅宣布：以法為教。按新法行事的溫順百姓，商鞅大賞特賞。被賞賜的人多是耕田種地優(yōu)秀，出軍作戰(zhàn)勇敢者。
在商鞅變法的時(shí)期，如果想獲得升遷，必須有實(shí)際的功勞，比如耕田種地優(yōu)秀，又比如作戰(zhàn)勇猛。有賞便有罰，遵循新法可以獲得賞賜，觸犯新法便要遭受處罰。
面對(duì)觸犯新法的人，商鞅決不姑息。有一次，700多個(gè)囚徒觸犯新法，商鞅手起，700多顆人頭馬上落地，血濺鬧市。
秦國(guó)一天天強(qiáng)大，魏國(guó)卻一天天削弱，秦國(guó)需要抓住機(jī)會(huì)對(duì)付魏國(guó)。秦孝公十七年，即商鞅第二次變法施行5年后，魏國(guó)大敗于馬陵，將軍龐涓被斬，國(guó)力大衰。
第二年，商鞅獻(xiàn)計(jì)獻(xiàn)策，建議秦孝公趁魏國(guó)元?dú)獯髠稣魑簢?guó)。魏國(guó)緊挨周?chē)?guó)，是眾諸侯爭(zhēng)奪的焦點(diǎn)，一旦國(guó)力衰微，許多諸侯國(guó)便對(duì)其虎視眈眈。
商鞅對(duì)秦孝公說(shuō)，魏國(guó)地理位置關(guān)鍵，對(duì)秦國(guó)而言，它就像心腹之患，如果秦國(guó)不吞并魏國(guó)，魏國(guó)就要滅亡秦國(guó)。
從地理環(huán)境看，魏國(guó)占據(jù)安邑，西有山川的險(xiǎn)要作為護(hù)國(guó)屏障，東有肥沃的土地。魏國(guó)如果強(qiáng)盛，可以向西入侵秦國(guó)，如果疲弱，可以退守東邊。
此時(shí)魏國(guó)剛剛敗給齊國(guó)，實(shí)力大削，現(xiàn)在正是對(duì)付魏國(guó)的最佳時(shí)機(jī)，所以商鞅建議秦孝公出軍，驅(qū)趕魏國(guó)到東邊，搶占黃河和崤山的險(xiǎn)要地勢(shì)，以作為保護(hù)國(guó)家的屏障。
秦國(guó)在西部，土地沒(méi)有中原的肥沃，還不時(shí)受到西邊少數(shù)民族的侵?jǐn)_。如果秦國(guó)想稱(chēng)霸中原，必然向東發(fā)展。在東方，魏國(guó)實(shí)力不小，首當(dāng)秦國(guó)進(jìn)軍中原的要沖。無(wú)論如何，只要秦國(guó)向東發(fā)展，就必須搬開(kāi)魏國(guó)這塊大頑石。
前些年，秦國(guó)屢受魏國(guó)侵?jǐn)_，因?yàn)槲簢?guó)害怕秦國(guó)向東發(fā)展。經(jīng)過(guò)改革，秦國(guó)實(shí)力大增，必然會(huì)對(duì)正在衰弱的魏國(guó)垂涎不已。
秦孝公很倚重商鞅，所以再次命商鞅領(lǐng)軍征戰(zhàn)。商鞅是文官而非武將，秦孝公兩次都讓商鞅帶軍出征，可見(jiàn)秦國(guó)缺乏大將。商鞅不是將軍，不擅打仗，讓他領(lǐng)兵征戰(zhàn)，他只能憑智謀取勝。
魏國(guó)曾經(jīng)敗給商鞅，聽(tīng)說(shuō)此次又是商鞅領(lǐng)大軍入侵，于是派公子卬領(lǐng)軍迎敵?！鞍僮阒x(chóng)，死而不僵”，魏國(guó)是昔日的大國(guó)，大軍開(kāi)動(dòng)，仍然軍威嚴(yán)整，氣勢(shì)駭人。
兩軍相遇，魏軍布陣嚴(yán)謹(jǐn)，法度大開(kāi)大闔，很有大國(guó)風(fēng)范。秦軍將士勇猛異常，人人精神抖擻，渴望擎旗斬將，殺敵立功。然而，秦軍布置松散，沒(méi)有使士氣扭成一股繩，幾乎是各自為戰(zhàn)。
放眼秦軍，只見(jiàn)兵將的個(gè)人勇猛，不見(jiàn)整體的軍威。商鞅看見(jiàn)魏軍威武嚴(yán)整，如同一片千年古林，立刻尋思用計(jì)。
利用曾經(jīng)在魏國(guó)待過(guò)一段時(shí)間的經(jīng)歷，商鞅寫(xiě)了一封信給魏軍主將公子卬。商鞅說(shuō)，他和公子卬交好，兩人都是主將，不忍心互相攻殺，希望見(jiàn)公子卬一面，杯酒言和，盡興而歡，興盡而散。
剛剛敗給齊國(guó)，又得罪其他諸侯國(guó)，魏國(guó)如果同秦國(guó)開(kāi)火，相當(dāng)于引火自焚。如果其他諸侯國(guó)利用魏、秦大戰(zhàn)之機(jī)，趁火打劫，相續(xù)出兵攻打魏國(guó)，魏國(guó)就會(huì)滅亡。
挑釁者主動(dòng)言和，公子卬求之不得，便一口答應(yīng)。
此次秦國(guó)大軍出動(dòng)，耗費(fèi)不小，商鞅當(dāng)然不會(huì)僅憑感情因素就輕易撤軍，何況他一向講究的是法和理性。再說(shuō)，當(dāng)年公叔痤舉薦商鞅，魏惠王有眼無(wú)珠，罷而不用，這點(diǎn)傷已經(jīng)清除了他對(duì)魏國(guó)的懷戀。
公子卬爽爽快快地前來(lái)赴宴，連一點(diǎn)防范意識(shí)都沒(méi)有。面對(duì)敵人，應(yīng)該時(shí)刻警惕著，如果稍稍放松，必然犯下不可補(bǔ)救的錯(cuò)誤。商鞅與公子卬在座上飲酒敘舊，暗地里卻已經(jīng)布置大將沖擊魏軍。公子卬相信商鞅，遭遇的卻是商鞅的扣留。
主將被扣留，生死未卜，面對(duì)秦軍的突然攻擊，魏軍大亂。如果單個(gè)作戰(zhàn)，魏軍士氣不如秦軍，只會(huì)輸，不會(huì)贏。魏軍威武駭人的軍陣被沖亂后，秦軍大舉殺入，如虎狼撲入羊群，橫行無(wú)阻，所向無(wú)敵。商鞅的法令強(qiáng)調(diào)，斬殺敵首者能被封功拜爵。為了功名爵位，秦兵作戰(zhàn)個(gè)個(gè)勇猛無(wú)比。
魏惠王見(jiàn)魏軍大勢(shì)已去，于是請(qǐng)求割地議和。主將無(wú)謀，國(guó)君懦弱，這是國(guó)家敗亡的征兆。
秦孝公要求收回河西之地，魏國(guó)同意歸還。
占據(jù)河西之地，一切如商鞅所料，秦國(guó)爭(zhēng)霸中原的大門(mén)被叩開(kāi)了。河西之地指黃河以西地區(qū)，秦國(guó)占有后，離魏國(guó)更近了，魏國(guó)的首都安邑就非常危險(xiǎn)。
如果秦軍渡過(guò)黃河，安邑必然一鼓而破。一旦都城被破，魏國(guó)必然徹底消失。秦國(guó)就如一只虎視眈眈的猛虎，占據(jù)高崗，隨時(shí)都可能撲向安邑。
面對(duì)強(qiáng)敵，魏惠王無(wú)能，只會(huì)隱忍退讓。割讓河西之地后，魏惠王又做了一個(gè)愚蠢的決定，向東遷都。魏國(guó)這次將都城遷到了邊遠(yuǎn)的大梁。因?yàn)檫w都一事，魏惠王也被稱(chēng)為梁惠王。
魏國(guó)先敗給齊國(guó)，接著再敗給秦國(guó)，原本就與魏國(guó)有恩怨的其他諸侯國(guó)很想趁火打劫，恨不能生吞魏國(guó)。勢(shì)力衰弱后，原本處于中原寶地的魏國(guó)感到背腹受敵，西有如狼的秦國(guó)，東有如虎的齊國(guó)。衰弱的魏國(guó)，已經(jīng)陷入生存的困境，向西要挨打，向東也要挨打。
生存在激烈競(jìng)爭(zhēng)的戰(zhàn)國(guó)，如果錯(cuò)失人才，就等于丟棄了自己的未來(lái)。魏國(guó)拋棄商鞅，一個(gè)大國(guó)立刻衰落；商鞅輔助秦孝公，一個(gè)大國(guó)迅速崛起。商鞅的生存證明了一個(gè)道理，人才強(qiáng)國(guó)。
面對(duì)秦國(guó)的崛起，魏惠王說(shuō)了一句傷感的話(huà)：“寡人恨不用公叔痤之言也。”（《史記·商君列傳》）
秦孝公收回河西之地，萬(wàn)分高興，封商鞅於、商之地。古人愛(ài)以地名稱(chēng)呼人，商鞅中的“商”就來(lái)源于商地的“商”。