胡亥派趙高審訊李斯父子謀反的案件，趙高天天嚴刑逼供，直打得李斯皮開肉綻，體無完膚；李斯實在受不住，只得招了假供。他之所以不自殺，是因為自思有雄辯之才，又是秦王朝的有功之臣；而且，自己也的確沒有謀反，說不定通過上書胡亥就會赦免他?？墒抢钏共恢?，進諫之路已完全為趙高一黨把持，申訴書全落入了趙高手中。趙高將書撕個粉碎：“囚犯還有資格上書！”為了堵住李斯嘴。他派自己的親信扮成御史（監(jiān)察官）、謁者（官名，為國君掌管傳達）、侍中（官名，秦時設五人，往來殿內(nèi)、東廂奏事），輪番提審。若李斯以實情相對，則施行拷打，直到李斯堅持假供不再改口為止。后來胡亥真的派人來審訊他，李斯以為還是和以前一樣，就仍以假口供對之。胡亥看到口供后，以為李斯真想謀反，對趙高感恩戴德：“如果不是愛卿，朕幾乎被丞相出賣了!”等到調(diào)查“李由通盜”的使者到三川時，李由已為項梁帶領的起義軍所殺。趙高見死無對證，便又欺騙胡亥說已將其就地正法。
趙高查辦李斯，李斯被捕后并套上刑具，關在監(jiān)獄中，仰天長嘆道：“唉呀！可悲?。o道的昏君，怎么能為他出謀劃策呢！從前夏桀殺死關龍逢，商紂殺死王子比干，吳王夫差殺死伍子胥。這三個大臣，難道不忠嗎！然而免不了一死，他們雖然盡忠而死，只可惜忠非其人。現(xiàn)在我的智慧趕不上這三個人，而二世的暴虐無道超過了桀、紂、夫差，我因盡忠而死，也是應該的呀。況且二世治國不是胡搞么！不久前殺死了自己的兄弟而自立為皇帝，又殺害忠良，重用低賤的人，修建阿房宮，對天下百姓橫征暴斂。并不是我不勸諫，而是他不聽我的呀。凡是古代圣明的帝王飲食都有一定的節(jié)制，車馬器物有一定的數(shù)量，宮殿都有一定的限度，頒布命令和辦事情，增加費用而不利于百姓的一律禁止，所以才能長治久安。現(xiàn)在二世對自己的兄弟，施以違反常情常理的殘暴手段，不考慮會有什么災禍，迫害、殺戮忠臣，也不考慮會有什么災殃；大力修筑宮殿，加重對天下百姓的稅收，不吝惜錢財：這三件措施實行之后，天下百姓不服從?，F(xiàn)在造反的人已占天下人的一半了，但二世心中還未覺悟，居然任用趙高為輔佐，我一定會看到盜賊攻進咸陽，使朝廷變?yōu)轺缏规矣蔚牡胤??！?p> 胡亥又下令趙高審理丞相一案，對他加以懲處，查問李斯和兒子李由謀反的情狀，將其賓客和家族全部逮捕。趙高懲治李斯，鞭打他一千多下，李斯不能忍受痛苦的折磨，冤屈地招供了。李斯之所以不自殺而死，是他自負能言善辯，又對秦國有大功，確實沒有反叛之心，希望能夠上書為自己辯護，希望二世能覺悟過來并赦免他。李斯于是在監(jiān)獄中上書說：“我擔任丞相治理百姓，已經(jīng)三十多年了。我來秦國趕上領土還很狹小。先王的時候，秦國的土地不過千里，士兵不過幾十萬。我用盡了自己微薄的才能，小心謹慎地執(zhí)行法令，暗中派遣謀臣，資助他們金銀珠寶，讓他們到各國游說，暗中準備武裝，整頓政治和教化，任用英勇善戰(zhàn)的人為官，提高功臣的社會地位，給他們很高的爵位和俸祿，所以終于威脅韓國，削弱魏國，擊敗了燕國，趙國，削平了齊國、楚國，最后兼并六國，俘獲了他們的國王，擁立秦王為天子。這是我的第一條罪狀。秦國的疆域并不是不廣闊，還要在北方驅(qū)逐胡人，貉人，在南方平定百越，以顯示秦國的強大。這是我的第二條罪狀。尊重大臣，提高他們的爵位，用以鞏固他們同秦王的親密關系。這是我的第三條罪狀。建立社稷，修建宗廟，以顯示主上的賢明。這是我的第四條罪狀。更改尺度衡器上所刻的標志，統(tǒng)一度量衡和文字，頒布天下，以樹立秦朝的威名。這是我的第五條罪狀。修筑馳道，興建游觀之所，以顯示主上志滿意得。這是我的第六條罪狀。減輕刑罰，減少稅收，以滿足主上贏得民眾的心愿，使萬民百姓都擁戴皇帝，至死都不忘記皇帝的恩德。這是我的第七條罪狀。像我李斯這樣作臣子的，所犯罪狀足以處死，本來已經(jīng)很久了，皇帝希望我竭盡所能，才得以活到今天，希望陛下明察。”奏書呈上之后，趙高讓獄吏丟在一邊而不上報，說：“囚犯怎能上書！”
趙高派他的門客十多人假扮成御史、謁者、侍中，輪流往復審問李斯。李斯改為以實對答時，趙高就讓人再拷打他。后來胡亥派人去驗證李斯的口供，李斯以為還和以前一樣，終不敢再改口供，在供詞上承認了自己的罪狀。趙高把判決書呈給胡亥，胡亥很高興地說：“沒有卿家，我?guī)缀醣回┫喑鲑u了?！钡群ヅ傻氖拐叩竭_三川調(diào)查李由時，項粱已經(jīng)將他殺死。使者返回時，正當李斯已被交付獄吏看押，趙高就編造了一整套李由謀反的罪狀。
最后，李斯在公元前208年，即胡亥即位的第二年，被處以極刑：先是黥面（即在臉上刺字，是秦朝的一種侮辱刑），然后劓（即割鼻子，也是秦的一種酷刑），砍斷左右趾（即砍掉左右腳），又腰斬（攔腰斬斷），最后是醢（即剁成肉醬），這在當時是最為殘忍的一種處死方式，叫做“具五刑”，即用五種刑罰處死。李斯的一家也同時被殺。
注：李斯的歷史貢獻小結：
1，廢分封
把全國分為三十六郡，郡以下為縣?？たh制比之分封制是一個進步，有利于國家的統(tǒng)一。這一整套中央集權制度，從根本上鏟除了諸侯王國分裂割據(jù)的禍根，對鞏固國家統(tǒng)一，促進社會發(fā)展起了積極作用。所以，這一制度在秦以后的帝制社會里一直沿用了近兩千年。
2，統(tǒng)一文字
公元前221年，秦始皇接受丞相李斯“書同文字”的建議，命令這個禁用各諸侯國留下的古文字，一律以秦篆為統(tǒng)一書體。統(tǒng)一后的中國急需一種統(tǒng)一的官方文字。李斯便奉秦始皇之命制作這種標準字樣，這便是小篆。
緊接著，為了推廣統(tǒng)一的文字，李斯親作《倉頡篇》七章，每四字為句，作為學習課本，供人臨摹。不久，李斯又采用秦代一個叫程邈的小官吏創(chuàng)造的一種書體，打破了篆書曲屈回環(huán)的形體結構，形成新的書體—隸書。中國書法四大書體真、草、隸、篆，隸、篆占其半壁江山，這全是李斯的功勞。
3，統(tǒng)一度量衡
秦朝建立后，為了不使其影響王朝的經(jīng)濟交流和發(fā)展，李斯上奏皇帝，建議廢除六國舊制，把度量衡從混亂不清的狀況下明確統(tǒng)一起來，得到了秦始皇的允許。李斯又從制度上和法律上采取措施，以保證度量衡的精確實施。
4，統(tǒng)一貨幣
廢除原來秦以外通行的六國貨幣，在中國范圍內(nèi)統(tǒng)一貨幣。此舉雖然對秦王朝的經(jīng)濟發(fā)展已無大用，但對后世的影響大。同時，規(guī)定貨幣的鑄造權歸國家所有，私人不得鑄幣，違者定罪等。
5，修馳道車同軌
為了政令暢通，物資交流便利，李斯又立刻建議讓全國的車軌統(tǒng)一，并在全國范圍內(nèi)修筑馳道。就這樣，一場大規(guī)模的統(tǒng)一車軌、修筑馳道的運動在全國展開。