隨后，舊黨勢力盡廢新法。
蘇軾對舊黨執(zhí)政后暴露出的腐敗現(xiàn)象進(jìn)行了抨擊，由此又引起了保守勢力的極力反對，再次遭誣告陷害。
至此，蘇軾既不能容于新黨，又不能見諒于舊黨，因而只能再度自求外調(diào)。
元祐四年（1089年），蘇軾任龍圖閣學(xué)士、知杭州。
臨行前，皇帝賜予茶葉、銀盒、白馬、鍍金的鞍韉及金腰帶等物品。
蘇軾在七月到達(dá)杭州，此時(shí)，他的弟弟蘇轍已經(jīng)由戶部侍郎升任為吏部尚書賜翰林學(xué)士；那年冬季，蘇轍以皇帝特使的身份出使契丹，往返四個(gè)月。
舊地重臨，杭州百姓沿路焚香鳴炮歡迎他們所愛戴的父母官。
與上次任通判，無權(quán)決策不同，這次出任太守的他有更實(shí)際的權(quán)力，也有更廣大的空間施展自己的才干。
為了不負(fù)眾望，在王朝云的枕畔細(xì)語中，蘇東坡立意要為杭州的百姓做下幾樁有益之事。
蘇軾七月到杭州任上，當(dāng)時(shí)恰逢江浙大旱之年，杭州一帶饑荒與瘟疫并作，蘇東坡上書朝廷請求減免貢米；同時(shí)廣開糧倉、設(shè)點(diǎn)施粥，大濟(jì)災(zāi)民；還調(diào)遣了大批民間良醫(yī)，免費(fèi)為災(zāi)民診治疫病。
蘇軾還組織當(dāng)?shù)匮杆匍_浚運(yùn)河。經(jīng)過多方尋訪考察，于十月就幵始興工，到次年四月，已開梭茅山、鹽橋二河，并在梭工之后以余力修完六井，淘挖深井、引水灌溉，幫助人民度過了大災(zāi)之年。
十六年前，蘇軾因?yàn)槌⒌臓幎?，被貶謫出汴京，曾經(jīng)擔(dān)任過杭州通判一職。那時(shí)，西湖在蘇軾的眼里，景色是那般旖旎。
十六年后，西湖不再儀態(tài)萬方，碧波蕩漾，因?yàn)闊o人治理，西湖湖底的淤泥堵塞了整個(gè)湖，使湖水變得渾濁不堪。
當(dāng)蘇軾再次來到他日思夜想的西湖時(shí)，看到由于疏于治理，西湖已經(jīng)荒草叢生，水光瀲滟早已不在，山雨空濛已非往昔。
黃州的赤壁，讓蘇東坡看到了功名的虛無，面對西湖的一片破敗，此時(shí)的他更加務(wù)實(shí)，沒有了閑情雅致，于是他向朝廷上了《乞開杭州西湖狀》的奏章：“熙寧中，臣通判本州，湖之葑合者，蓋十二三耳；而今者十六、七之間，遂塞其半。父老皆言，十年以來，水淺葑橫，如云翳空，倏忽便滿。更二十年，無西湖矣?！?p> 為了疏浚西湖，恢復(fù)西湖往日的秀麗風(fēng)光，擺在蘇軾面前的困難重重。
首先，治理西湖需要的大量經(jīng)費(fèi)從何而來？要清理遮蔽湖面的水草兩萬五千方丈，需要二十萬天的人工，按一天人工清除一方丈左右算，每一工五十五個(gè)錢，加上三升米，全部計(jì)劃需要三萬四千貫錢。他已經(jīng)多方籌得一半經(jīng)費(fèi)，空缺的部分只得向朝廷申請予以解決。朝廷雖然批準(zhǔn)了疏浚西湖的請求，但只給了一百張度牒作為經(jīng)費(fèi)。
度牒就是僧人出家的身份憑證。度牒制度起源于南北朝，興盛于唐宋。因?yàn)樵谔拼怯缮袝§舨款C發(fā)給合法出家人的證書，所以又叫祠部牒。
唐玄宗天寶五年五月，唐玄宗命令祠部給合法出家人頒發(fā)度牒，以此作為僧尼身份證明，可以免除徭役、地稅，以便于政府管理。官府可以出售度牒，所收費(fèi)用充入軍隊(duì)和行政等開支。從此，度牒的收入，成為唐宋時(shí)期官府收入的一大來源。
因?yàn)閾碛卸入嚎梢悦獬x稅、徭役，保護(hù)資產(chǎn)，所以在唐宋時(shí)期，很多人就開始非法買賣、炒作度牒，甚至偽造度牒，從中牟利，所以當(dāng)時(shí)假冒的出家人也很多。到了宋代，度牒不僅價(jià)格暴增，并且用途越來越廣泛，甚至可以買賣東西，充當(dāng)貨幣使用。這個(gè)現(xiàn)象一直到清世祖順治年代才被遏制，政府發(fā)放度牒，不再收取費(fèi)用。到了雍正時(shí)代，度牒制度直接被廢止。
蘇軾把這一百張度牒賣了，得一萬七千貫錢，帶領(lǐng)工人和船夫，開始了浩浩蕩蕩治理西湖的大工程。
棘手的問題緊接而至，疏浚出的大量西湖淤泥安置何處？這次，蘇東坡再次展現(xiàn)他作為藝術(shù)家構(gòu)圖布景的巧思，將這些淤泥用以建筑湖上的長堤，長堤上栽種花木楊柳，建上小橋亭閣，這樣點(diǎn)染的自然之美構(gòu)成了西湖十景中著名的“蘇堤春曉”和“蘇堤六橋”。
蘇軾后來在潁州時(shí)曾作《軾在潁州與趙德麟同治西湖未成改揚(yáng)州三月十》詩，其中的詩句“我在錢塘拓湖淥，大堤士女急昌豐。六橋橫絕天漢上，北山始與南屏通。忽驚二十五萬丈，老葑席卷蒼云空?！本兔枋隽诉@一美景。
長堤貫通西湖的南北兩岸，也大大縮短了游玩西湖的往返距離，更為便利。后人為了紀(jì)念蘇東坡的德惠，給那條長堤取名為“蘇公堤”。
還有一個(gè)重要的問題，如何使得西湖中的雜草不再滋生？蘇東坡又想出一個(gè)兩全其美的辦法，即將岸邊的湖面租給民眾種植菱角，民眾若想種植菱角增加家庭收入，必須要將自己的地段定期拔草，同時(shí)官府將所得的租種費(fèi)用和稅收收入用于湖堤的保養(yǎng)。
蘇東坡在西湖中建造了三座小石塔，圍成一個(gè)水域，嚴(yán)禁民眾在此水域內(nèi)種植菱角。小石塔后來逐漸演變?yōu)樽钪奈骱谰啊叭队≡隆薄?p> 于是，西湖變了：沿堤遍植芙蓉、楊柳，春秋佳日，花開如錦，綠絳拂堤，人行其上，猶如置身于畫中。
這一系列的整治措施，不但便利了交通，美化了湖景，更重要的是可以防止湖水的淤塞，保護(hù)杭州城不受江潮的肆虐，確實(shí)是為杭州人民做了一件大好事。
外任時(shí)期不僅是蘇軾政績卓越的時(shí)期，更是其廣交賢士的時(shí)期。相對在朝時(shí)而言，外任不僅使其擺脫掉許多迫不得已的應(yīng)酬，也使得當(dāng)時(shí)許多崇拜蘇軾文采的文人有更好的機(jī)會(huì)與蘇拭結(jié)交?！疤K門四學(xué)士”之一的晁補(bǔ)之就是在熙寧五年，蘇拭通判杭州之時(shí)上書求見的。
元祐年間守杭，蘇軾與之交往的，以本地同僚為主：杭州本地地方官，即劉季孫、王瑜、周燾、蘇堅(jiān)等人。其中，以劉季孫最得蘇軾贊賞，二人的往來也最密切。蘇軾在杭的近兩年時(shí)間，與其同游、唱和、次韻、贈(zèng)答之作，數(shù)量居這段時(shí)間唱和詩之冠。